虽然自私基因的自然选择偏爱基因间的合作，我们也必须承认，有一些基因并不这么做。相反，它们牺牲基因组中其他基因的利益而行动。一些作者将它们称为“越轨基因”，有一些则将其称为“极度自私基因”，还有些人则直接称之为“自私的基因”，将之与其他因自身利益而合作的基因混为一谈，未能理解其中微妙的不同。第十三章讲述了超级自私基因的例子——减数分裂驱动基因，而“寄生DNA”的概念最初是在第三章末尾中提出的，后来则有一些作者对其进一步研究，并以“自私的DNA”这样的妙笔来描述。自从本书第一次出版之后，这些年不断发现有超级自私基因的例子，它们更为匪夷所思。这已成为这些年研究的热点。

《自私的基因》一直因为其将基因拟人化而被批评，这一点也需要解释（如果不道歉的话）一下。我采用了两个层次的拟人：基因与生物体。基因的拟人真应该不是个问题，因为任何有头脑的人都不会认为DNA分子会有一个有意识的人格，任何理智的读者也不会将这种妄想归罪于作者的写作方式。有一次我听到伟大的分子生物学家雅克·莫诺（Jacques Monod）讲述科学中的创造力时，着实心动。我已经忘记了他的用词，但他大概的说法是：当他考虑一个化学问题时，他会问自己：如果我是个电子，我会怎么做？彼得·阿特金斯（Peter Atkins）在其优秀的著作《重临创世》（Creation Revisited）中，在探讨光束通过高折射率介质时速度减慢后的折射时，也采取了一个类似的拟人：光束好像想要最小化其到达终点的时间。在阿特金斯的想象中，这如同海滩边的救生员飙车去拯救一个落水者一样。他是否需要直接奔向落水者？不是，因为他跑步比游泳速度更快，在行程中增加陆地行走的比例会更为明智。他是否应该直接跑到海滩边正对着目标的点，来最小化其游泳时间？这个想法好一些，但依然不是最佳方案。通过计算（如果救生员有时间来做这个事情），我们可以找到救生员的最佳行进角度、奔跑距离和不可避免的游泳距离间的最佳组合。阿特金斯的总结到：

这正是光线通过密度较大介质时的行为。但光线怎么能在进入之前就已经知道哪一个是最短的行程？它又为什么要在乎这个？

他受量子理论的启发，将这些问题给出了一个绝佳的解释。

这类拟人化的比喻并不只是一种有趣的叙述方式，它还可以帮助职业科学家们在雾里看花中判别错误，找到正确的答案。达尔文主义在利他主义和自私、合作与报复上的计算便是这么一个例子，科学家们很容易推算出错误的答案。但我们经常在最后发现，适当地、小心谨慎地将基因拟人化处理，是将达尔文理论学者从泥沼中拯救出来的最短路径。在本书四大英雄之一的汉密尔顿（W. D. Hamilton）先驱经验的鼓励下，我自己也尝试着如此谨慎处理拟人化。哈密尔顿在 1972年（也是我开始写作《自私的基因》的那一年）的论文里写道：