另一方面，生产和销售理顺之后，刘汉元全力以赴加大了科研力度。1986年他就将工作重点转移到了对饲料转化率的研究和对动物生物化学的研究上。1987年开始更是加大了时间精力和财力的投入，全力以赴就四川地区的养鱼问题针对性地寻找解决方案。这就引出了当时长期困扰刘汉元和更多养殖户集约化养鱼的三大问题：

一是养出的成鱼脂肪过多；

二是内脏比例过大，品质退化；

三是体形体色与自然河鱼差别太大。

搞科研，首先要解决这三大问题。刘汉元怎样才能做到？

1986年开始，刘汉元除了发展，赚到的钱都投到了科学配方、加工工艺方面的研究和大面积试验上。怎样才能实现技术创新，提高饵料系数？他多方请教专家，认真学习国内外最新技术，经常在实验室里通宵达旦地工作，每一项重要的试验都要放到实际养殖中去检验，证明成功后才正式投入饲料生产。1987年，年仅23岁的刘汉元就成了中国整个水产行业最年轻的高级工程师。以这样的年龄获得这样的职称，在现在看来，完全不可思议。

“天才行其所必行，人才行其所能行。”那时刘汉元知道哪个方向是正确的方向，他知道哪个方向必须去走，虽然他一时半会儿看不清未来，但他一直坚持着。那时乐山水产站、水库，仁寿的水库等都是刘汉元的试验基地，一个接一个排成一列列的网箱里，养着采用不同营养配比饲料分别喂养的鱼，一群人还要定期捕捞进行观察、解剖、分析，在生长快慢不同的季节，尤其是在不同的水温、水质、气候条件下还要不停地对不同喂养的鱼进行研究，调整配方……同时，还要着力做好养殖过程中鱼病的防治。5年的研究，对配方的改进，最终使饲料的效率成倍提高。