《六韬》还系统地论述了将领的自主权问题。《立将》明确记述了国君于太庙誓师，以斧钺授将，将受命出征的具体仪式，而且还郑重其事地论述了将帅应有的统率三军，独断专行的权利。“国不可从外治，军不可从中御。二心不可以事君，疑志不可以应敌……军中之事，不闻君命，皆由将出。临敌决战，无有二心。若此，则无天于上，无地于下，无敌于前，无君于后。是故智者为之谋，勇者为之斗，气厉青云，疾苦驰骛，兵不接刃，而敌降服。战胜于外，功立于内。”这里的核心是“军不可从中御”和“军中之事，不闻君命，皆由将出”。意思是“将在外，君命有所不受。”军队不能由国君在中枢机构中具体指挥，而应完全由将领根据战场上的实际情况来指挥，这样才能取得胜利。将领有自主权，就有了主动权。对于士卒，《六韬》也很重视其选拔与训练。

《练士》说：“军中有大勇敢死乐伤者，聚为一卒，名为冒刃之士；有锐气壮勇强暴者，聚为一卒，名曰陷陈（阵）之士；有奇表长剑、接武齐列者，聚为一卒，名曰勇锐之士；有披距伸钩、强梁多力、溃破金鼓、绝灭旌旗者，聚为一卒，名曰勇力之士；有逾高绝远、轻足善走者，聚为一卒，名曰寇兵之士；有王臣失势欲复见功者，聚为一卒，名曰死斗之士；有死将之人子弟欲与其将报仇者，取秋一卒，名曰敢死之士；有赘婿人虏欲掩迹扬名者，聚为一卒，名曰励钝之士；有贫穷愤怒欲快其志者，聚为一卒，名曰必死之士；有胥廉免罪之人欲逃其耻者，聚为一卒，名曰伟用之士；有材技兼人，能负重致远者，聚为一卒，名曰待命之士。”这里强调的是对士卒的因材施用与组织方法。士卒的才能、性格等是千差万别的，把这些人按一定的原则组织起来，就可以充分发挥他们潜能，取得胜利。对于军队的治理，《六韬》提出了刑赏并重和“杀贵大，赏贵小”的原则。