李鸿章的意见转达到总理衙门时，驻英国的清朝公使叙述英国外部大臣意见的书信也到了。当时总理衙门的领袖醇亲王和李鸿章关系极为融洽，但凡外交事务全都依赖李鸿章。李鸿章也不敢专权，遇事一定与醇亲王商议，并且在醇亲王满意后才予以执行，所以二人才能做到和衷共济（ 当时东西方就有天津有两个政府之说 ）。关于袁世凯是升迁还是降职，这本属于总理衙门的权限，但是醇亲王因为李鸿章多次称赞袁世凯有才能，所以觉得关于撤袁世凯回国之事，必须要和李鸿章进行商议。虽然有驻英国的清朝公使的书函，醇亲王还是和李鸿章通过书信对此事进行了商议，醇亲王让李鸿章酌情考虑是否将三年作为期满，将袁世凯引见回京。这样调袁世凯回国，另外派人去接替他。李鸿章接到醇亲王的信后仍然没有行动，又帮袁世凯陈述了一下他被陷害的原因，并极力称赞袁世凯驻守朝鲜有功。现节录二人的书信于下：

顷奉公函，以黎莼斋函称某大臣所言各节，商及袁世凯任事出力，保奏引见，暂行调回，另派妥慎可靠之员往代，等因。莼斋函致敝处，大略相同。彼固不深知此事颠末也。闵泳翊向与袁世凯交好，惟与李昰应世仇。自乙酉秋世凯护送昰应回国，该国王与泳翊至亲，其父子参商太甚，遂疑世凯阴助昰应。泳翊竟捏造废国王起用昰应之说。姚赋秋者，上海人，与德尼素识，往投朝鲜，帮助德尼倾陷袁道，以曾在袁处从事，旋被撵逐，挟嫌诬称有袁道手书为凭，实皆空中楼阁。闵泳翊与袁生隙，在韩自危，于丁亥夏间出奔，径逃香港，不敢归国。鸿章早有所闻，曾密诘袁世凯是否曾有此事。该道指天誓日，忿激不平，请调回津与闵质对。该国王偏信泳翊，又极力庇护，不欲其赴津面质，计无复之。去秋乃有藉词请更派之咨，敝处前三次上书钧署，屡以更派得人为难，袁道暂留为是。若轻信谣诼，而使任使者抱不白之冤，以后稍知自好顾全国体者，孰敢蹈此危机哉？姚赋秋赴英，显系泳翊招之，使播弄于不知颠末之星使，以上闻于左右耳。……鸿章再四审度，驻韩一席，实无有再妥于袁世凯者，尊处如有其人，即乞明示以便更调。

总理衙门接到李鸿章的回信后，似乎有些愤怒。明治二十二年，即光绪十五年（ 1889 ），李鸿章入京觐见皇帝，总理衙门就和他认真商量袁世凯的去留问题，李鸿章又历数了袁世凯的功劳，说他出使在外，不辱使命，除了袁世凯之外，还没有见到比他更合适的人。于是总理衙门顺着李鸿章的意思，以袁世凯驻守朝鲜三年，办事得当为由，对袁世凯进行了奖励，仍留袁世凯在朝鲜担任钦差大臣。并奉清廷的谕旨，赏袁世凯以道员升用，并加了二品衔。李鸿章的其余奏请也都获得了批准。李鸿章和总理衙门商议确定后，就给袁世凯发去了电报，如下：

顷在京晤邸枢，代达汝能不辱君命，操纵得宜，邸枢亦知汝熟习情形，许为会衔具奏，请奖二品衔升用道，仍留为驻韩钦差，不日当奉明谕。