袁世凯接到朝鲜政府的求救公文后，立即转告给了李鸿章。李鸿章会同总理衙门上奏给了清政府。清政府要求李鸿章马上筹备部署，调兵帮助剿灭叛乱。李鸿章接到朝廷的旨意后，立即派遣直隶提督叶志超率领太原镇总兵聂士成，挑选了3000名精锐部队，乘坐招商局的汽船从牙山登陆。直到6月7日，清朝公使汪氏才依照《 天津条约 》的规定，出示了清廷出兵的圣旨，通知我日本国清朝已出兵朝鲜。清朝公使在给日本国的照会文书中说，清朝此次出兵的目的，是为了保护自己的藩属国。数十年来，我日本国与清朝之间一直悬而未决朝鲜的问题，其实就是在这个时候开始产生的。因为我日本国认为朝鲜是个主权国家，而清朝认为朝鲜是其藩属国。袁世凯历年来，一直在朝鲜扶植清朝的势力，剥夺我日本国在朝鲜的权利，我日本国虽然在朝鲜的利益日益退缩，但是从来没有片刻忘记这一点。再加上金玉均被刺杀的事情，又让我日本国的国民极为愤怒。这些远因和近因交织在一起，所以当时我日本国的国民都有跃跃欲试出兵朝鲜的想法。清朝料定日本政府不会出兵，却不知道我日本国年年强化军事建设，等待这样的时机已经很久了。日本政府在未接到清朝的通知之前，就已经决定在6月2日出兵。所以清朝公使在给日本国的照会文书中仍称朝鲜为清朝的藩属国的时候，我日本国外部严词拒绝，绝不承认朝鲜是清朝的藩属国。日本驻守朝鲜的大鸟公使当时刚好回到日本，直接乘坐八重山舰到达朝鲜，并于当月10日抵达朝鲜京城。12日，第五师团混成旅团的先锋部队1000多人，从仁川登岸，真奔朝鲜京城，并驻扎在朝鲜京城。随后，马队、步兵、炮兵、工兵以及大量装别辎重，都陆续渡海来到朝鲜。

东学党的叛乱没多久就被镇压。袁世凯见到日本的军队源源不断地输送到朝鲜，就多次和日本大鸟公使商议，说朝鲜的叛乱已经平定，按照《 天津条约 》的规定，日清两国必须同时撤兵。大鸟公使以当时局势尚未稳固，军队还在路上为由，随意敷衍了袁世凯几句，但是军队仍然继续渡海前往朝鲜，没有任何停止的意思。袁世凯非常惊恐，摘录部分他给李鸿章的电报于下：

袁电一：

前与大鸟约订，华不加兵，日续到兵稍憩即回，今卸完船回，兵将久驻。且韩余匪，以数百兵可除，何须五千兵久驻，韩人迭以公法条约驳诘，各国员亦迭诘，均不理，惟称护馆，自属狡诞。各洋人亦谓华应预备，未可信日，乞筹备。但日知今年慈圣庆典，华必忍让。倘见我将大举，或易结束，否则非有所得不能去也。然前言俱食，后言何可信。况日廷意在胁韩，鸟自不能主。且日本图韩，蓄意已久，恐非口舌能了，似应先调南北水师，迅来严备，事机已迫，乞宪度迅赐施行。