曾国藩的军事才能实在有限，对于捻军他采用建立四镇、驻扎四支重兵围剿的方略，然而，捻军骑兵迅速跳出包围圈。在数次战败之后，晚清政府于9月6日命李鸿章率兵前往河南，主管河南、山西、陕西三省军务。曾国藩对此极为反感，军无二帅，地无二主。曾国藩要求李鸿章不要北上，李鸿章也在此时要求如果北上自己的兵力太少，刘铭传、潘鼎新也要重回自己的帐下。

而这时，河南巡抚吴昌寿则要求曾国藩交出兵权，李鸿章迅速出击要求吴昌寿交出兵权，最终1866年2月28日吴昌寿被免职。虽然湘淮共同努力打败了豫军统帅，但李鸿章和曾国藩在灭捻方略上的矛盾日渐加深。而曾国藩对自己的四镇重点防御，重兵等待捻军自动跳入包围圈的战略非常自信。李鸿章则私下里挖苦曾国藩的战略：“古有万里长城，今有万里长墙，不意秦始皇千年以后遇公等知音。”

尽管李鸿章表面上是在挖苦正在曾氏军营听调的淮将刘秉璋，但刘氏仅仅是执行者，很显然李是对自己口中的恩师曾国藩的不屑。

结果，豫军不听从曾国藩调遣，捻军渡运河成功。其后，曾国藩辞职，请调李鸿章、曾国荃主管剿灭东西捻的军务。清廷于10月20日任命李鸿章为钦差大臣，而湖北巡抚曾国荃与总督官文不和，曾国荃病退。其后，李鸿章、左宗棠先后派出人马剿捻。在此过程中，李鸿章的功劳最大，先后将东捻、西捻领袖歼灭。很大程度上，左宗棠在此间只是起到协助作用，因为他的主要精力都放在了处理陕甘问题上了。

入陕以后，左宗棠第一个要面对的人就是董福祥。