左宗棠一方面拒绝李鸿章相助，一方面迅速提请让刘松棠的侄子刘锦棠为新统帅，继续令刘部主攻金积寨。1871年1月6日马化漋投降，历时1年3个多月的金积堡战役完结。

金积堡被收复后，陕甘情形改变，河州马占鳌急忙请降，但他却拒绝交出武器。而新疆妥得　接到求援后，派数千兵马准备进入陕甘。陕甘形势大变后，马占鳌、马永福等多地起义领袖再次发动叛乱。经过多次谈判失败之后，9月16日左宗棠率军驻扎定西县向马占鳌发动进攻。1872年元月，马占鳌投降。左宗棠奏请清廷封赏了马占鳌后便缩编马部为三营，由马占鳌率领。

1872年8月18日，被封为陕甘总督7年后，左宗棠第一次来到了总督驻地兰州。9月中旬，左宗棠命刘锦棠率部进攻青海三马。其后，马永福及陕西回军的一些首领投降。1872年11月攻占西宁后，马桂源、马本源兄弟撤退到今天的青海化隆，1873年2月马氏兄弟被捉。

陕甘回民起义只剩下肃州（酒泉）一个中心，酒泉马文禄部收罗了陕甘回民起义中的残余势力，同时，新疆援军也准备开赴肃州。但斜刺里杀出一个沙俄，它入侵伊犁，一方面与阿古柏沆瀣一气，一方面屠杀回民起义。因为许多回民起义军也支持祖国统一，仅是反对清廷而已。所以，俄方也向他们举起了屠刀。

清廷忙派成禄讲和。因为身处战乱地区，淮军刘铭传部奉命进兵新疆，为成禄开辟安全通道。

1872年1月7日，徐占彪部到达高台后向肃州发动进攻，到了1873年9月左宗棠亲自到达肃州，刘锦棠部驰援，最终于10月18日攻入肃州。入城后，刘锦棠部焚城，将城中4500多已经投降的成年回族同胞残杀。