1862年夏，太平军西北远征军在陈德才、赖文光率领下攻打西安的时候，因为回民在升山村砍竹爆发了汉回冲突。据谣传团练武装开始发出“秦不留回”的鸡毛传帖。本已经紧张的汉回关系终于引发了回民对自身存亡的极度担忧。西安有传言说汉人要有大举动。8月26日渭南回民郭克裕进入凤翔城后被捉，回民集众要求释放。

团练借此机会散布“回民即将造反”的谣言。为此，8月28日回民集中于东关马家巷口，以崔伟（崔伟是陕甘回民起义十八营之首）为首领宣布起义。崔伟的起义是为了争夺民族生存权，而起义的目的就是推翻晚清政府。当地许多汉人也都加入了起义队伍，汉回一同向欺压剥削他们的晚清政府发动了进攻。

起义之初，回民派人向各地汉民解释此次起义皆是因官府和团练要妄图杀回民导致。在此期间，当地不少汉民和四川川勇参加了回民起义。

28日进攻凤翔城的时候，团练因为惧怕回民响应，诱杀城内48家回民。自此，在团练和官府的鼓噪下，汉回矛盾越来越深。到了1864年，崔伟领导的凤翔回民起义成为十八营中的一营。而为了支持回民起义，1866年陶茂林和雷正官等部下官兵先后拒绝与回民对抗。

1867年1月23日，在灞桥十里坡西捻军歼灭湘军3000人。而西捻军与太平军的不同就在于，西捻主动联合回民，而太平军却不与回民联系。3月西捻军与回民起义军会合于凤翔地区。然而，1867年12月为救东捻军，西捻军大部分回师山西。

崔伟领导下的凤翔回民起义军可以说是与汉民合作最好的一支起义军。1872年11月见左宗棠的政策保证了回民的利益，而且回民起义失败的命运不可逆转，崔伟率部请降，其部下编为左宗棠五大亲兵马队之一的旌善马队。