最终，这些移民都被安置在了陇东平原上：回民主要安置在平凉、会宁、静宁、安定、秦安等地，汉民主要安置在了安定等地。左宗棠的这些政策使得当时的一些陕甘汉人上层非常不满，他们认为左宗棠袒护回民不照顾汉民。许多当地官吏都暗中阻挠这些政策。为了执行自己的政策，左宗棠贬废了多名地方文武官员、杀了多名土豪劣绅、地方官吏。例如平凉武生李振基、灵州吕廷桂和苗维新等人。在诸多官员中，最有名的当属按察使史念祖，因为杀降回被左宗棠弹劾罢官（后任云南按察使、布政使，广西巡抚等职）。自此以后，史念祖成为地方督抚级人物中最公开反对并咒骂左宗棠的官员。

在民族政策中，左宗棠还非常尊重回民风俗文化。有个叫赵履祥的县丞竟然提出了一套同化方案。左宗棠断然否定，并积极支持回民修建清真寺。为了保护回民不被一些势力寻仇，他还在回民聚集地设立通判一职，而这些官职一般都是在知府一级设立的官职，基本由回民担任，在这些官职内还组织了一定数量的民团组织，以回民民兵的形式保卫回民。

左宗棠1880年离开兰州后，他的民族政策换来了陕甘长期和平。直到20世纪四十年代，甘肃河州一代的回民在解决纠纷的时候都还执行左宗棠的章程。青海地区的蒙回藏各民族仍然十分尊敬左宗棠，而极为痛恨年羹尧。

陕甘问题解决后，新疆问题必须提上日程了。然而，左宗棠却连续数次回绝清廷进兵的命令，反而专心搞起了地方建设。