尽管左宗棠表示反对，但最终由于英法德美等国的外交影响，李鸿章等人的鼓噪，清廷认为此时停战可以避免与沙俄发生冲突，同时又可以争取到最大的利益，将左宗棠招回已成定局。左宗棠无奈，只好接受了军机大臣的名衔回朝廷去做“顾问”了。在此情况下，左宗棠选择了能够继承自己衣钵的刘锦棠作为接班人。

9月26日刘锦棠被任命为署理钦差大臣，督办新疆军务。11月8日，刘锦棠抵达哈密与左宗棠密商六天。他们从中俄双方的武器、资金、兵力、各自国际关系等方面进行了分析，认定中俄一战可以打。即使左宗棠离开，刘锦棠也绝不会放弃武力解决伊犁的选择，并积极备战。如此，左宗棠才在11月14日离开了哈密前往北京。其后，刘锦棠将布防进行了调整。

北路由金顺驻防，南路西四城调新疆帮办军务张曜负责，东四城由老部下余虎恩、谭上连、谭拔萃分别负责，刘锦棠则率亲兵亲自居哈密指挥。

左宗棠离开新疆回北京的消息自然被沙俄方面知道，可沙俄并不知道清廷最高统治者的意图。因此，接连数次询问曾纪泽左宗棠何为，并认定清廷是为了准备打仗而招左宗棠进京的。由此，沙俄的态度大变，几次催促曾纪泽签署新的条约。

然而，三个月后，沙俄的态度再次转变，因为他们听说了左宗棠到京后的职务安排。与此同时，西方列强的“老朋友”李鸿章上书大骂左宗棠是“奸佞之臣，空言误国”。李鸿章的配合真是恰到好处，沙俄的态度再次强硬起来。丧失了最佳时机之后，曾纪泽无奈与沙俄签署了新的条约。