别看曾国藩帮助李鸿章，说实话他的处境也不比李鸿章强到哪里去。自他再度担任两江总督后，他的心志已经被消磨得差不多了。为了顾全大局，他背负了骂名，这对他的打击是巨大的，而审理“刺马”案，这又是一道坎。曾国藩也变得“油滑”起来，不想再因为这种难以处理的事情，给自己增加更多的烦恼，他在北京磨磨唧唧地不想赴任，和这个原因有很大的关系。当时朝廷已经增派刑部尚书郑敦谨调查案件，这正好使曾国藩解脱了，他决定先让郑敦谨去，等调查结果出来，自己再开始下一步行动。

等到曾国藩正式到任两江总督时，“刺马”案的事情基本上有了眉目。经过讯问嫌犯张汶祥，得到了一个让人咋舌的故事。张汶祥自称与马新贻、曹二都是绿林人士，结拜为兄弟，后来马新贻平步青云当了大官，他看到曹二的老婆很漂亮，就和她私通。可私通这事情毕竟不是光明正大的事情，更要命的是被曹二知道了。马新贻就一不做二不休，给曹二扣了个通捻匪的罪名杀了。张汶祥得知此事，就发誓要为好友报仇，于是就发生了这起震惊全国的高官被刺案。讯问的结果报到藩司梅启照那里，这种涉及“作风问题”的供述，实在让梅启照很难交差，就责人继续讯问。老虎凳辣椒水用完了，张汶祥还是坚持自己的供词。没办法，梅启照只好以“江浙海盗挟仇报复”下了定论。曾国藩这下轻松了，下属都定了性了，自己就按照“实情”办理就是了。而郑敦谨佩服张汶祥的义气，想减轻他的刑罚。曾国藩没有同意，估计他考虑如果以案件真实面目上报必然影响整个清朝官员的形象，与其被人嗤笑，还不如早早结案完事。

很快，曾国藩前后上报了名为《复审凶犯行刺马新贻缘由》、《复审马新贻被刺一案犯供无主主使实情篇》的两个折子。第一个折子为大家绘声绘色讲了一个从太平军到海盗再到杀人凶手的离奇故事，而第二个折子则是解释了一些对于案件的质疑。由于官方的闪烁其词和扑朔迷离的情节，导致小道消息满天飞，这件“刺马案”与“杨乃武与小白菜案”、“名伶杨月楼案”、“太原案”被列为“清末四大奇案”，足见此案的诡异。曾国藩也看出了这件事情拖下去会越闹越大，抢先按“罪大恶极”将张汶祥凌迟处死，并在马新贻灵柩前摘张汶祥的心作为祭奠，此案总算是有了结果。

而曾国藩在此案中，可以说粗疏含混，很不像他原来那样兢兢业业的样子。可能是天津教案的阴影太重，也可能是受李鸿章“痞子腔”的影响，曾国藩对待敏感事件的态度有了很大的变化。