可好景不长，石达开带领太平军的主力向安徽杀来。当时吕贤基困守舒城，前景非常的不妙，李鸿章赶忙带领了几百兵勇到舒城帮忙。但这些对于殂击太平军来说，只是杯水车薪，形势越来越不乐观了。怎么办？太平军马上就打过来了，硬抗的结果估计是以身殉国，吕贤基想这么做，可李鸿章不这么想。自己还年轻啊，就这么报销了，真是太不值得了，自己还有崇高的理想呢，还没实现就成了人名了。但是逃跑就会落得个临阵脱逃的骂名，怎么办？李鸿章很矛盾。最终在别人的劝说下，李鸿章还是决定溜之大吉。就在他逃离舒城后的第二天，太平军攻占了舒城，吕贤基投水而死，幸好李鸿章跑得快，要不真可能小命不保。而整个安徽的形势急转直下，到了咸丰四年一月，巡抚江忠源也战死了，庐州被占。李鸿章顿时感到前途的迷茫，面对强大的太平军，他心有余而力不足。

等到新的安徽巡抚福济上任后，他立即将李鸿章招入麾下。福济也算和李鸿章有师生之情，李鸿章考进士的时候，福济是副考官。福济对军事一窍不通，他便想到了李鸿章，至少李鸿章还带过兵打过仗，有些经验，福济让他做自己的左右手。李鸿章的才能得到了发挥，他尽心为福济出谋划策，制定作战方案。但终究势力差距太大，整个安徽境内的形势没有大的改观。与此同时，李鸿章的父亲李文安也奉命回皖办理团练，这下父子两人同在一地作战，而却又无法见面。到了咸丰四年十二月，李鸿章在含山打败了太平军，这让他声名鹊起，荣加知府衔、换花翎。

转过年来，到了咸丰五年春，李鸿章随同副都统忠泰去攻打巢县，而父亲李文安也来协助。可没想，到了五月，李文安竟然积劳成疾死在军中。噩耗传来，李鸿章痛不欲生，立即动身去处理后事。可能是上天让李鸿章继续活下去，在李鸿章离开部队不久，太平军猛攻导致整个部队只有忠泰一人逃了出来。如果李鸿章当时没有离开，后果可想而知。