归国后，李鸿章通过他的关系让孙中山协助刺杀康有为。孙中山制定了行动方案后又开始摇摆不定，因为这时以康梁为首的保皇党已经开始以牙还牙地报复。北京的荣禄和刚毅、广东的李鸿章和刘学询均成为暗杀目标。

在保皇党眼里，刘学询要比李鸿章、荣禄还要凶险。梁启超对刺杀刘学询最为积极，多次指出：“卯金（即刘）富而多谋，今以全力谋我，阻力之大过于荣（指荣禄），不可不先图之。”“豚子不宰，我辈终无着手之地。”催令不惜代价刺杀刘学询，甚至计划雇用日本浪人行刺。

1900年4月24日，刘学询从澳门返回广东，刚到广州口岸，就被保皇党的刺客击中胸口。刘学询血流不止，送往西医就诊，亏得他衣服穿得较多，子弹仅入皮肉三分，捡回了一条性命，但也足以使其胆战心惊了。可见有时候枪的好坏和衣服的厚薄都能影响和改变历史。

“庚子拳乱”，刘学询极力怂恿李鸿章和孙中山联合，趁乱搞“两广独立”。李鸿章权衡一番，最后还是决定北上擒王，重揽大权。刘学询心灰意冷，没再跟随，到了上海。

然而孙中山却是精力充沛，百折不挠，当时他人在台湾，却策划了郑士良的惠州起义和史坚如的广州爆炸。因为当时刘学询在上海，孙中山没能及时通知他，所以资金短缺，惠州起义虽然颇有声势，但事实上打了不少折扣。起义失败后，孙中山曾经派日本浪人平山周给刘学询带去一封很长的秘信，表示愿意奉刘为首：“或称总统，或称帝王，弟决奉足下当之。故称谓由足下裁决。”可惜的是，刘学询并没有接到这封信，要是当年他及时接到这封信，按照他的野心和实力，看到惠州起义的声势，很有可能会全力以赴地投入支持。那样的话，历史或许真的要改写了。

此后，他就再也没有和孙中山的革命党联系，也没有北上追随李鸿章。随着局势的推移，他逐渐退出了政治舞台。