第一排先被砍头，第二排的人被迫将这些无头尸体投入江中，然后他们自己也人头落地。屠杀一直从早上持续到夜晚，但日军用这种方式只杀了2 000人。第二天，他们就厌倦了这种杀人方式，于是便架起机关枪。其中两挺机关枪以交叉火力向排成队的战俘扫射。“砰！砰！砰！砰！”扳机扣动了。战俘们纷纷跳入长江逃命，但没有一个人能成功游到对岸。

日本摄影记者河野公辉写道：

在举行“入城式”庆典之前，我看到长江上有50~100具浮尸顺江而下。他们是在战斗中阵亡，还是投降后被杀？抑或他们是惨遭屠戮的平民？

我记得南京城外曾有一个小池塘，它看上去就像一片血海——色彩绚丽、凄艳绝伦。如果我有彩色胶卷就好了……那将是一张多么震慑人心的照片啊！

另一位在南京的日本随军记者佐佐木元政评论道：“我曾在东京大地震时见过成堆的尸体，但那根本无法与南京的惨状相比。”

强暴妇女

接下来，日军开始将注意力转向妇女。

“妇女遭受的苦难最为深重。”日军驻南京第114师团的一名士兵田所耕三回忆说，“妇女不论老幼，都逃脱不了被强暴的命运。我们从下关派出运煤车，到南京的大街小巷和附近村庄中抓回许多妇女。然后我们将每个妇女分配给15~20名日本士兵，任由他们奸淫凌辱。”

仍然健在的日本老兵称，日军曾正式宣布强暴敌国妇女为非法行为。然而，强奸在日本的军事文化和迷信中有着根深蒂固的影响，因而没有人认真执行这项规定。许多人相信强奸处女能够让他们在战斗中表现更神勇，有些士兵甚至随身佩戴着用受害者的阴毛制成的护身符，他们相信这些护身符具有使他们免于受伤的魔力。