民间资本进入铁路后还衍生出一个新问题，原本大致统一的技术标准在资金来源多样化之后变得越来越不容易统一，这对于全国路网也是一个巨大的隐患，如果将来各路建成后无法联通，那对整个国家发展来说，可能是得不偿失的。

官商合办到“国进民退”

1906年，邮传部考虑制定了一份《统筹全局铁路折》，确定全国铁路干线和主要支线的大致走向，倾向于在适当的时候由国家统一筹措资金，将铁路干线收归国有。根据这个思路，邮传部稍后出面，将河南、陕西及江苏铁路公司集股不多且一直没有开工的工程作了处理，向这些工程注入一部分官股；将陇海路各段由原来的商办改为官商合办。

这个政策化解了这些路段的资金困难，因而在推行之初并没有遭到反对，许多人相信这或许是化解铁路建设难题的一个出路。

清廷将这些进展不顺的路段收归官办，出发点是好的，效果也不错，但是站在民间立场上说，这显然侵犯了民间资本的利益。特别是清廷在政策上有个非常大的歧视，即官办铁路抵押路权向海内外融资，而商办铁路之所以举办困难，主要是因为政策上不允许他们抵押路权。因而中央和地方为路权吵得不可开交，一直找不到两全其美的妥协办法。

这样的争吵一直持续到1911年。这一年5月5日，给事中石长信向朝廷提交了一份奏折，建议朝廷痛下决心，将涉及全国经济布局的重要干线一律收归国有，尤其是粤汉、川汉等路段连接西南边陲，具有战略意义，断非民间资本有能力予以修筑。而且，从相关各省进展情形看，这几条线路也非收归国有不可，像广东绅商虽然争夺路权非常积极，但并没有在修路上下力气，而是将路权作为一担生意，倒来倒去，设法牟利。至于湖南和湖北，经济原本就落后，指望民间资本去修路无疑望梅止渴，除了加重民众负担，让路权变成地方权贵的牟利工具外，毫无助益。问题最大的是四川，四川绅商各树朋党，各怀意见，虽然向民众筹集了大笔资金，但并没有在筑路上卖力气。更危险的情形可能是，四川绅商将这笔资金挪作他用，许多烂账估计已很难收回。这不是一般的烂账，弄不好会激起民愤，引发骚乱。