然而问题在于，新军体制一直对官兵进行忠诚教育而不是职业化教育，这种忠诚教育说到底就是一把双刃剑。你可以向军队灌输皇上、皇太后如何伟大如何英明，应该忠于皇上忠于皇太后。经过长时期灌输，军队官兵当然会信这一套。但是这种灌输无疑打开了另外一扇方便之门，那就是你可以灌输忠于皇上忠于皇太后，革命党人也可以在军队中宣传皇上和皇太后都不是东西，腐败堕落，罪大恶极，是革命的对象。于是热衷于政治忧心于国事的湖北新军当皇族内阁宣布后，当铁路干线国有政策宣布后，尤其是当湖北、湖南、四川等地声势浩大的保路运动发生后，他们觉得作为国家柱石，有责任表达自己的看法，有责任推动政治良性发展。这就是湖北新军发动武昌起义的根本原因。

还有一个值得注意的问题是，清廷不惜代价训练新军的目的原本是为了向日本复仇，是用于对外战争，然而在1900年的义和团战争中，在1904年的日俄战争中，大清国都没有机会将新军用于对外进攻或防卫。这样一支经过精心训练的新军一直没有对外战争的机会。然而不论是否有对外战争的机会，国防军的功能是不应该改变的，其职责只能是对外战争，是与外国维持和平，这是国防军的唯一责任。但是，十几年的和平发展，清廷始终没有去规范新军的功能，始终对新军抱有一种政治上的额外期待，总是想着将这支重要的力量用于国内政治变革上，于是你可以将这支军队用于维护朝廷推动君主立宪，我就可以煽动这支军队反对朝廷进行革命。在晚清最后十年，新军将领确实对清廷倡导的预备立宪贡献极大，许多将领差不多就是那时最杰出的政治领袖。从狭隘的利益和短期目标说，这是成功，是必要，但从长远利益看，这在很大程度上种下了1911年大革命的种子。这对后来的民主革命来说固然是一件幸事，但从近代民主民族国家构建来说，未免还差十万八千里，也为后来的政治纠纷预留了巨大空间，其贻害绝对不应该低估。