在经营层面上，许多现实问题又给国营企业面临的限制条件增加了变数。例如，政府经常因为某些临时的原因对部分企业进行补贴，因此导致对其他企业的歧视。即使国营企业在中央经济计划之外的范畴经营时，也会遇到类似的问题。中央制订的经济计划并没有覆盖国营企业生产运营的方方面面，因此总有各种各样计划外的交易，这被称为“合作关系”。为了这些“合作关系”，相关各方在商定价格时会遇到一些特殊的计划内生产碰不到的问题。由于经济计划明确规定了投入和产出的具体数量，商品价格仅仅是方便会计核算的工具。由于缺乏市场价格信息，经济计划之外的交易价格往往波动很大。

不同的企业在不同的时间采购的原材料或者中间产品的价格都会不一样。 而员工的报酬由全国统一的工资水平决定，工资因此并不能反映生产效率的高低。这种现象和市场经济的情形正好相反。在市场经济中，每个人生产效率不一样，因而工资不同。而除工资外，所有的企业面对的生产要素的市场价格是相同的。当国营企业改革允许企业和政府就权利和义务讨价还价时，国营企业面临的局限条件变得更多，也更加混乱。

在自由的市场经济环境下，企业无时不受到市场的影响。商品市场告诉企业一些有关它生死存亡的信息，例如企业不能继续生产销售价格低于生产成本的产品；而要素市场告诉企业不同生产要素的替代成本。虽然市场总是多多少少存在询价的空间，但任何单个企业难以对原材料的市场采购价格造成实质性影响。要提高生存概率，企业必须自我创新，为消费者提供更新更好的产品，或者以更低的成本生产出与竞争对手相同的产品。因此，市场竞争可以让高效的企业繁荣发展，让低效的企业逐渐消失，或者转产，尝试生产其他产品。

与此同时，市场经济下的公司可以按照员工的生产效率调节其薪资水平，并解雇效率低下的员工。这种体系让企业有了调动员工积极性的更好方法，因为员工的生产效率与其他的生产要素不同，会受到回报率的影响。这种内部压力鼓励工人尽最大努力去工作，并且只有消费者可以评判他们的工作是否令人满意。能否在激烈竞争的市场中生存是评判企业的最终裁判。

在1981年国营企业改革之前，中国国营工业体系中并不存在真正的定价机制或者市场纪律。消费品和资本商品的价格很大程度上由政府决定，无法通过价格来区分商品的质量高低。这意味着企业没有动力来改进产品，更不要说研发新产品了。由于各个国营企业都面临着蜘蛛网一般的监管机制，即使一个国营企业有足够的积极性来改善自身条件，它也会最先把力气花在监管机构身上，与他们搞好关系，而不是致力于提高生产效率或者改进产品质量。此外，由于工人的收入和生产效率并不相关，他们的积极性当然很低落。更糟糕的是，企业没有辞退或者自主招聘的权力。“铁饭碗”和平均主义在国营企业展现得淋漓尽致，导致它们丧失了最基本的激励员工和提高生产质量的管理手段。