战争即断绝两国原有的国家关系。因此在开战的同时，交战国间的所有条约及搁置问题就都不存在了。新的国家关系将根据战后的讲和条约重新建立。日本在甲午战争中取得了胜利，根据《马关条约》的规定，日本得到了超出其几年来一直渴求的特权，把新的通商条约及贸易章程强加给了中国。

在开战的同时，琉球问题已彻底不再是两国间的搁置问题了。在马关讲和会谈中，日本方面及中国方面都没有谈及琉球问题。因此，在讲和条约中理所当然地对琉球问题也只字未提。也就是说，在建立日中两国新的关系，即讲和时，对于日本占有琉球的既成事实，清政府没提任何异议。由此形成了日本独占的既定事实。换言之，正是由于日本在日中甲午战争中的获胜，才使清政府丧失了对琉球的一切历史权利、权益，确立了日本独占琉球的局面。