针对这种情况，1949年通过了《国家安全法修正案》。该法案将国家军事机构变成国防部，使之成为行政部门。国防部长具有正式内阁部长级别，各军种部长归国防部长管辖，领导军事而非行政部门。各军种部长由此不再具备内阁部长级别，不再在国家安全委员会拥有席位。参谋长联席会议增设主席一职，主席虽然不具备投票权，但作为事实上的总统军事顾问。参谋长联席会议继续保留作为顾问与协调职能机构（1952年增设海军陆战队司令）。

至此，责任总算是得到了明确划分（至少在理论上如此）：总统作为总司令处于最高级别，内阁成员级别的国防部长位居其下，陆、海、空三军部长位于国防部长之下，在各部长之下是三个单独的参谋长。虽然1947年和1949年先后出台的这些法案在最高指挥层面仍然留有某些含糊不清的组织关系，但这一系列行政变革终于使美国各军种明白无误地归于国防部长这样一个内阁级别文职官员的单独领导之下。

即便如此，这些重组法案并未能如政策制定者所愿消除军种间的对立问题。1949年，原海军部长及首任国防部长詹姆斯·V·弗莱斯特（James V. Forrestal）因精神失常辞职。杜鲁门总统任命路易斯·A·约翰逊（Louis A. Johnson）接任。约翰逊来自西弗吉尼亚州，出身律师，为人夸夸其谈且具有总统野心，此外还是一个坚定的空军支持者。不过，海军部长约翰·L·沙利文（John L. Sullivan）可没有约翰逊那样喜欢空军。沙利文认为依赖载有原子弹弹头的B-36轰炸机作为美国军火库首选反应武器过于鲁莽。他为此在1949年4月批准建造6.5万吨的超级航母“合众国”（United States）号。“合众国”号将成为一艘多用途巨型战舰，能够发射并回收具备核战能力的飞机，为海军在今后数年内的战略职责指明方向。

“合众国”号开始动工仅仅五天，约翰逊便在未征求沙利文意见的情况下擅自取消建造合同，并且将现役航空母舰数量从8艘削减至4艘，航空大队从14个减为6个。约翰逊下定决心要将海军和海军陆战队的航空队统统并入空军以节省经费，达到“真正的统一”。约翰逊擅自取消航母建造合同，并且做出其他种种苛刻举动，这分明是对海军的挑衅。

众议院武装部队委员会随后召开听证会。听证会由海军的老朋友和支持者，来自佐治亚州的卡尔·文森（Carl Vinson）主持。由于约翰逊和空军曾经扬言单凭原子弹和B-36轰炸机便可保证国家安全，因此与会海军现役与退役高级将领（包括金、尼米兹、哈尔西和斯普鲁恩斯等海军上将）对此展开猛烈抨击。在这场“海军上将倒戈”事件中，海军将领们的攻击矛头还对准了约翰逊与B-36制造公司之间的私人财务关系。约翰·L·沙利文为了抗议约翰逊取消航母合同，毅然辞职。杜鲁门总统任命弗朗西斯·P·马修斯（Francis P. Matthews）担任新一任海军部长。马修斯原先是内布拉斯加州的一位银行家，毫无海军事务背景。他站在约翰逊一边，以支持海军同僚为由头，将海军作战部长路易斯·E·登菲尔德（Louis E. Denfield）撤职。