虽然人们对于结核杆菌的分子生物学原理还不是完全清楚，但是结核病的病理学症状显示，就算在潜伏期，结核杆菌仍然在不断寻找免疫系统的漏洞。这就好像是基地组织在寻找全球安全系统的漏洞一样。福琼说：“我们有理由猜测，在潜伏期，绝大多数的结核杆菌都处于休眠状态，只有少数活跃。但是一旦其他疾病破坏了免疫系统，比如艾滋病、酗酒，或者糖尿病等，结核病又会复发。”

这时，一切都改变了。在这个阶段，虽然说肺部是结核杆菌最中意的感染场所，但是整个身体都是结核菌感染的目标。一旦到了那个阶段，像恐怖组织一样，结核杆菌会引起免疫系统反应过度，趁机扩散。

正常情况下，健康的免疫系统会对结核杆菌和感染了的巨噬细胞发起攻击，形成干酪样肉芽肿。它们采用标准的免疫学策略，用纤维外壳将结合杆菌团团围住，类似于警察将逃犯围困那样。所谓的反应过度就是针对这种干酪样肉芽肿而言。

其实细小的肉芽肿是正常的免疫系统对于潜伏期疾病的正常反应。但是一旦疾病突然恶化，这种肉芽肿可能会混乱。当围住结合杆菌的免疫细胞纷纷死去后，更多的免疫细胞会把死去的免疫细胞围住，而自己也会死去。反复几次，肉芽肿越变越大，就像一个球一样。

在这个不断扩张的外壳内，结核杆菌就在这些已经死亡的免疫细胞组织中迅速繁殖。最终，这些肉芽瘤（学名是“干酪样坏死”，因为它们很浓稠，看起来就像是白软干酪一样）能在肺里发展到一个网球那么大。随着这些肉芽瘤不断长大，肉芽瘤中心的坏死组织开始液化，而这非常有利于结核杆菌的繁殖。事实上，结核杆菌正利用了这种环境，使一个两厘米见方中等大小的肉芽瘤中活跃的结核杆菌超过了一亿个。

随着肉芽瘤不断变大，它开始感染肺壁，最终完全爆发出来，使整个肺部布满结核杆菌，就像是一次大规模袭击，同时袭击多个目标。福琼说：“结核杆菌之所以能够得逞，正是因为它引诱我们的免疫系统犯下战略性错误。本来是要控制感染，反倒将感染的部分聚拢在一起，让细菌大量繁殖。”

在此之后，受到感染的人每咳嗽一次，就会向空气中释放上百万小到肉眼无法看到的结核杆菌。平均每个小时他们会咳嗽13次，而那些极具传染性的病人则有可能每小时咳嗽60次，如果没有得到及时医治，这些病发的人中将有一半因此丧生。