然而，好景不长。到任不满两个月，政治风向突变。11月下旬，中共中央在北京召开“打招呼会议”，“四人帮”掀起“批邓、反击右倾翻案风”政治狂潮。胡耀邦、李昌遭到无情批斗，再次被剥夺工作权利。刘华清因疑患肺结核住院治疗，待病因查清、康复出院，则比胡耀邦等人晚进中科院两个月，没有参与被“四人帮”诬称为“大毒草”的《汇报提纲》的调研和起草，侥幸躲过一劫。

1976年10月6日，以王洪文、张春桥、江青、姚文元为首的“四人帮”集团被彻底粉碎，刘华清的政治生命与共和国的命运一样，重新焕发出勃勃生机。

1977年7月16日至21日，中共十届三中全会在北京召开，邓小平重新出山，恢复中共中央副主席、国务院副总理、中央军委副主席和总参谋长职务。

1977年12月23日，中央军委任命刘华清为国防科委副主任。时隔八年之后，他终于得以重新归队，官复原职。

1979年2月19日，边境自卫反击战打响。值此非常时刻，邓小平亲自点将，任命刘华清为总参谋长助理。一年后，邓小平辞去总参谋长兼职，由杨得志接任总参谋长，刘华清晋升为副总参谋长。

第二次调离海军时，刘华清曾认定：“海军这条路算是走到头了。” 未敢奢望第三次进海军，而且是当海军司令员。