在随后访问印度的行程中，印度总理尼赫鲁为争取中国在克什米尔问题上的支持，安排周总理访问克什米尔地区，但周总理婉转地拒绝了他的这一安排。这表明了中国在克什米尔问题上的公正立场，巴基斯坦对中方的做法感到很满意。

60年代初，巴基斯坦对美国在军事上援助印度的政策感到不满，也对美国扶植的东南亚条约组织和巴格达条约组织没能给予其任何援助大为失望。在1962年的中印边界冲突中，巴基斯坦明确支持中国，认为边界冲突的责任在印度，中国完全是出于自卫，而西方国家提供给印度的武器不仅是对付中国，也是为了对付巴基斯坦。在中印边界冲突后，巴基斯坦对中国采取了更加友好的态度。

1962年，中巴两国宣布进行边界问题谈判。1963年3月，两国外长在北京签订了《关于中国新疆和由巴基斯坦实际控制其防务的各个地区相接壤的边界的协议》，中国收回了1000多平方公里实际控制线以外的土地。中巴边界协议的签署，是两国关系史上的又一个里程碑事件。

1965年印巴战争再次爆发，中国在道义上明确支持巴基斯坦，谴责印度军队的扩张行径，也在行动上支持巴基斯坦。战争结束后，巴基斯坦对中国的各种支持表示诚挚的感谢。

至此，中巴两国的友好关系大体上就奠定下来了，并在随后的几十年里经受住了风雨考验，历久弥坚，成为发展中国家以及不同社会制度国家之间关系的典范。