契卡几乎刚一创建即开始执行一项特殊任务。一九一八年九月五日，捷尔任斯基接到指示，要求契卡贯彻执行列宁的红色恐怖政策。在针对列宁的一次未遂刺杀之后开展的这场恐怖行动——逮捕、监禁、屠杀——比此前几个月随心所欲的恐怖行动更有组织，矛头直接指向那些被怀疑在“后方”从事破坏革命的活动的人，实际成为内战的重要组成部分。它血腥，无情，残忍——开展这场行动的人想要让它达到的正是这种效果。红军的喉舌《红星报》这样对它作了描述：“没有怜悯，没有宽恕，我们要对敌人大开杀戒，成千上万地消灭他们，让他们被自己的血泊所淹没。为了列宁流出的血……我们要让资产阶级血流成河——让他们流血流得越多越好……”

红色恐怖对于列宁的权力斗争至关重要。所谓的“专设集中营”对于红色恐怖同样至关重要。关于红色恐怖的第一项法令甚至提到了集中营。这项法令不仅要求逮捕并且监禁“资产阶级的重要代理人、地主、工厂主、商人、反革命的神职人员、反苏维埃的军官”，而且要把他们“用集中营隔离起来”。尽管没有关于囚犯人数的可靠数字，到一九一九年年底时，苏联已经有了二十一个记录在案的集中营。到一九二○年年底时，这个数量增加了四倍，达到一百零七个。

不过，在这个阶段，集中营的目的仍然不够明确。囚犯必须从事劳动——但是为了什么目的？劳动意味着对于囚犯的教育改造？还是为了羞辱他们？或者认为这是帮助建设苏维埃的新国家？不同的苏联领导人和不同的机构各有自己不同的答案。一九一九年二月，捷尔任斯基本人发表了一篇热情洋溢的演说，鼓吹集中营对于资产阶级在思想方面的教育改造作用。他说，新的集中营将让那些被囚禁的人从事劳动；因为那些绅士不劳而获；因为不进行强迫他们就不会干活儿。应当把这种惩罚施加于那些在苏维埃机构里面上班却不认真对待工作的人、拖拖拉拉的人以及诸如此类的其他人……我们将以这种方式创办劳动的学校。