南洋公学自开办以来，有一部分之教员及管理员不为学生所喜。吴稚晖君任公学教员时，为组织卫学会，已起冲突。学生被开除者十余人。吴君亦以是辞职，赴日本。而不孚人望之教员，则留校如故。是年（1902年）11月间，有中院第五班生，以误置墨水瓶于讲桌上，为教员所责。同学不平，要求总理去教员，总理不允，欲惩戒学生。于是激而为全体退学之举。特班生亦牺牲其保举经济特科之资格，而相率退学，论者谓为孑民平日提倡民权之影响。孑民亦以是引咎而辞职。

南洋公学学生既退学，谋自立学校，乃由孑民为介绍于中国教育会，募款设校，沿女学校之名，曰爱国学社。以孑民为代表，请吴稚晖君、章太炎君等为教员。与《苏报》订约，每日由学社教员任论说一篇，而《苏报》馆则每月助学社银一百圆以为酬。于是《苏报》馆遂为爱国学社之机关报矣。吴君又发起张园演说会，昌言革命。会南京陆师学堂退学生十余人，亦来学社，章行严君其一也。于是请彼等教授兵式体操。孑亦剪发，服操衣，与诸生同练步伐。无何，留日学生为东三省俄兵不撤事发起军国民教育会，于是爱国学社亦组织义勇队以应之。是时，爱国学社几为国内唯一之革命机关矣。