孙中山一面致电宫崎滔天，令其将向菲律宾借定的枪支速运往惠州；一面与日本台湾总督儿玉源太郎接洽，请协助供应武器弹药。但是，日本新任首相伊藤博文禁止台湾总督帮助革命党人，儿玉源太郎奉命扣押了革命党人存贮在台湾的军火。这样，孙中山没有武器接济起义军，起义军缺乏枪支弹药，陷入危境。

郑士良率领的起义军终因弹尽粮绝，无法行动，被迫解散。郑士良、黄福、梁慕光、黄耀廷等数百人，先后抵达香港。

惠州起义虽然失败，但给革命党人以极大的鼓励。孙中山后来回忆道：“广州、惠州两次起义，差若天渊，吾人睹此情形，心中快慰，不可言状，知国人之迷梦已有渐醒之兆。加以八国联军之破北京，清后、帝出走，议和赔款四万万两，而后，则清廷之威信已扫地无余，而人民之生计从此日蹙，国势危急，岌岌不可终日。有志之士，多起救国之思，而革命风潮自此萌芽矣。”

再回头来说广州方面。

两广总督德寿闻知郑士良发动惠州起义，非常惊慌。他急忙调派大队清军前去弹压，郑士良的惠州起义军处境危急，最终失败。但在起义军与清军进行激战之时，在广州负责策应任务的史坚如等人并没有停止革命活动。为了打乱清军的部署，瓦解清军军心，鼓舞革命党人与起义军的士气，他们力图在广州举事响应，但苦于军械缺乏、准备不足，屡不成事。为此，史坚如提议暗杀清廷在广州的三位军政大员，然后再联合会党趁乱攻占广州，以此来接应惠州起义。

史坚如对革命党人邓荫南说：“如果杀了粤之渠魁，广州必乱，其中枢无主，我师必宽，各路起义部队必然得心应手。粤省一定，即可出师北向。”

史坚如的暗杀计划，得到了邓荫南的赞同与支持。

邓荫南（1846－1923），原名松盛，字有相、荫南，排行三，又称邓三，广东开平人，开平公学堂及檀香山华文学院肄业。他早年到檀香山谋生，后经营农场和蔗园，成为当地的富商。他性情慷慨，乐于助人，深得华侨和当地土人敬重，与孙中山的哥哥孙眉交往甚密。1894年与孙中山见面后，就加入兴中会，被推为值理。次年，他变卖家财充革命经费，回国参与筹划广州起义。失败后，他避居澳门。1898年，他与宫崎寅藏等人在广州设立东亚同文会，作为继续开展革命活动的掩护，并筹措款项，协助陈少白在香港创办《中国日报》，宣传反清革命。1900年，邓荫南与史坚如在广州策应惠州起义，被委为广州方面民军总司令。