1914年，冯玉祥部扩编为左翼第一旅，后又改为第十四旅、第十六混成旅。虽身为袁世凯军事系列的旅长，但在全国旅长以上将领联名通电拥袁称帝时，冯玉祥坚决拒绝签名，并暗中同蔡锷的护国军联络，又在率部进入成都时，促使四川将军兼巡按使陈宧宣布独立，脱离袁世凯的北京政府，予袁的复辟活动以沉重打击。

1916年7月，第十六混成旅移防河北廊坊。一年后，冯玉祥被贬为正定府第六巡防营统领。受到打击和排挤的冯玉祥，称病离职，到北京西郊的天台山，边读书边休养。当年7月，张勋率领他的辫子军拥戴宣统出山，企图复辟。冯玉祥闻讯，变卖家产充作军费，带领旧部出战张勋，与其他部队一起，攻破北京，驱走了张勋。

就在此时，冯玉祥痛定思痛，毅然向军政各界发出了力图根除复辟的通电，提出：一，取消民国优待清室条件，400万两经费停止缴付。二，取消宣统名义，永不准以帝号名称号召满蒙，即贬溥仪为平民。三，所有宫殿、朝房及京内外清室各公地、府园，尽归国家公共之用。四，惩办此次叛逆之诸元凶，以遏奸邪之复萌。

此时冯玉祥措辞严厉的通电，虽然因种种原因未能施行，但不难看出，这实为7年后他派鹿钟麟将溥仪驱赶出紫禁城的舆论准备，中国现代史肯定会为此而书写浓重的一笔。

护法战争期间，南北对峙，形势严峻。冯玉祥始终主张“迅速罢兵，以全和局”，“国会早开，民气早申”。为此，他数次置军职于不顾，与段祺瑞、冯国璋据理力争。同时，他又向久已敬仰的孙中山先生郑重表示：“中国已濒于危亡，真正救国，只有先生一人，百折不回，再接再厉，无论如何失败，我行我素，始终如一。此种精神，凡谋国者，当为之感奋。今虽扼于环境，未能追随，但精神上的结合，固已有日”，愿意“今欲追随，乞多指示！”孙中山先生随即委派徐谦、钮永建秘密到冯部，宣传国民革命的理论与策略。冯玉祥也派代表专程南下，进谒孙中山先生，建立联系。

上世纪二十年代初期，冯玉祥自第十六混成旅旅长任上，先后擢升陆军第十一师师长、陕西及河南两省督军，后为陆军检阅使，驻防北京南苑。这时，他所拥有的兵力，计一个师（即第十一师）、三个旅（即张之江任旅长的第七旅，以及李鸣钟的第八旅和宋哲元的第二十五旅），总共三万余官兵，军力非同凡响。

1924年初，经人介绍，丧偶后的冯玉祥与出生在河北通县（今属北京市）的李德全女士成婚。