不过，今天北京地区分别归属于海淀区和昌平区管辖的西三旗、西二旗、东三旗、东二旗等地名却与满洲的八旗制度无关，它们源于明朝的军制。

西三旗、西二旗、东三旗、东二旗几个村庄的形成与得名，是明代有部分军队在这一带牧马的结果。明代的军制是在一些要害之地设置卫或所，以尽保家卫国之责。一般地说，一个卫有5600人，一个千户所有1120人，一个百户所有112人。每个所统领2个总旗，10个小旗。每个小旗有10名兵卒，每个总旗有50名兵卒。可见，明代军队的编制，最基层单位也称为“旗”，犹如今天的“班”。明代为了抗御蒙古势力卷土重来，在大规模修筑长城的同时，还在长城沿线设置了九个镇，也称“九边”，统领大批卫所官兵保卫边防。为了供给沿边驻军所需的战马，在内地设立了许多牧马草场和马房，抽调部分官兵专门牧马、养马，甚至民间也承担了繁重的为官府养马的任务。有明一代，北京地区的牧马草场和马房很多，其中在西三旗东边的黄土店就有一处，称为黄土店马房。那时候，在黄土店周围没有几个村庄，到处是青草茂盛的空旷之地，被分派到黄土店马房牧马、养马的官军，按照所编的小旗散布其间牧马。西三旗、西二旗、东三旗、东二旗等村庄就是明代牧马的各小旗官军的驻地，后来演变成村落，并以当时小旗的编号和所处方位命名。在今清河镇东边、清河北岸有个村庄名为“马房”，则是明代清河马房的遗存。而在昌平小汤山的南边、温榆河北岸也有一个“马房”村，则是属于小汤山马房的范围了。明代北京地区马房之多，由此可见一斑。