教会权力和威望在教皇英诺森三世治下于1200年达到顶峰，约在1300年左右，它进入了一个衰落期，在下一个世纪里，它为分裂和异端所困扰。从1309年到1377年间，教皇的皇廷设在罗纳河（Rh?ne River）上的一个教皇采邑阿维农（Avignon），这个选址起初是为了在卜尼法斯八世与腓力四世之间灾难性冲突以后便于同法国国王谈判（参见第3讲）。教廷迁址的反对者声称，这些教皇受法国国王的控制，因此给它一个诨名曰“巴比伦之囚”。阿维农的教皇们是极其高效的施政者，特别是在财政领域，但他们也往往玩世不恭，放荡不羁。

阿维农的教廷差一点在1378年寿终正寝，是年的一次新的灾难即教会大分裂（Great Schism）将教会投入到更大的混乱之中。教皇格里高利十一世统治时期（1370—1378年），教廷于1377年迁回罗马，但格里高利教皇在1378年便去世了。在其后推举一位意大利人做教皇时，法国的一些红衣主教们宣称受到胁迫，并迁回了阿维农。当法国的红衣主教们推选出一位新教皇时，西方基督教王国便分裂为两个教皇管辖区（obedience，即教皇控制地区之称谓）、两个教皇、两个红衣主教团、两个教廷。世俗国家的权力急剧上升，显见于统治者支持这一方或那一方教廷。法国、西西里、苏格兰、卡斯提尔（Castile）、阿拉冈和葡萄牙支持阿维农的教皇；英国、佛兰德斯、波兰、匈牙利、德国和意大利其余地区则继续忠于罗马教皇。教廷遭受重创，随着虔诚的基督徒的迷茫和厌恶，教皇的权力削弱了。

后面还有更糟的事发生。1409年，两派红衣主教在比萨（Pisa）召开了一次宗教会议以弥合裂痕。比萨宗教会议推举了一位新教皇，并要求其他两个教皇辞职。此二人拒绝，教会乃面对着三个均诉求教皇权威的统治者。宗教大分裂最终在康士坦茨宗教会议（Council of Constance，1414—1418年）上获得解决，该宗教会议废黜了阿维农统治者，接受罗马诉求者的辞职，无视比萨宗教会议的人选，推举了一位新教皇，马丁五世（Martin V）。

由于康士坦茨会议的成功，会议统治（由宗教会议来统治）作为抑制教皇权力的一种办法看来会在教会里赢取支持。但是，马丁五世（1417—1431年任教皇）一被推选为教皇便拒绝了这一理念。尽管如此，会议统治运动仍活跃到15世纪中叶，斯时，强有力的教皇重申教皇之职的君主权力。这些教皇尽管强大，却未能应对紧迫的道德和精神关切，因为他们深陷意大利政治和其他世俗关注，他们在教皇国里几乎是作为世俗君主进行统治的。