应对突发性危机

如果说，美国国家安全委员会在成立不久制订的遏制前苏联的计划发挥了长远的影响的话，那么，应对临时的各种严重的政治和军事危机则是国家安全委员会发挥的主要作用。

古巴导弹危机

1962年10月16日，美国总统肯尼迪得到中央情报局的报告，前苏联正在向古巴运送并部署带有核弹头的中程和远程弹道导弹，这些弹道导弹可以打击美国大陆的许多地方。当天上午，肯尼迪立即主持召开国家安全委员会紧急会议，参加会议的人除了总统、副总统、国务卿、国防部长4名法定成员之外，国家安全事务助理、中情局长、司法部长、财政部长、总统特别顾问、参谋长联席会议主席等非法定成员也参加了会议，还邀请了国务院的副国务卿、国务卿帮办、助理国务卿等官员和国防部的副部长、助理部长出席了会议，美国新闻署副署长代替生病的新闻署长出席了会议。

会议进行了4天之久，讨论了前苏联在古巴部署导弹的真实意图以及美国的应对措施。会上出现两种意见：以参谋长联席会议主席马克斯韦尔·泰勒上将为代表的“强硬派”，主张对古巴进行空袭，摧毁那些导弹和导弹发射井，随后进行登陆作战，彻底推翻卡斯特罗政权；以国防部长罗伯特·麦克纳马拉为代表的“温和派”，主张对古巴实行海上封锁，阻止把进攻性武器运进古巴，并迫使前苏联撤走部署在古巴的导弹系统。国务院官员则倾向于通过外交手段解决。肯尼迪总统最后支持对古巴进行封锁的意见，大多数与会者也赞成对古巴进行封锁。会议决定成立国家安全委员会的“执行委员会”，制定和执行对古巴进行封锁的具体方案。

会议进行期间，肯尼迪总统还装着若无其事，原先宣布的总统活动安排照常进行，肯尼迪还特地于1962年10月18日下午接见了前苏联外交部长葛罗米柯，葛罗米柯否认在古巴部署导弹，肯尼迪则装糊涂不知情。

10月19日，肯尼迪做出了对古巴进行海上封锁的最后决定。美国政府各部门迅速行动起来。美国军方紧急进行军事部署，作好封锁的准备；国务院派遣外交官员前往欧洲、拉美等国家进行通报和做工作；美国新闻署向所有电台布置广播任务。

10月22日下午7点，肯尼迪总统在白宫向美国和全世界发表讲话，以强硬的口气宣布对古巴进行封锁。美新署使用38种语言向全世界广播，并使用多种语言印刷书面材料向全球散发。除了少数几个国家的领导人事先知晓之外，全球为之震惊。

美国做出的反应出乎前苏联的意料，克里姆林宫呈现一片混乱局面，直到10月23日下午前苏联政府才做出反应，发表声明谴责美国对古巴进行封锁是“海盗行为”。前苏联随后采取了针锋相对的军事部署措施。美苏之间的对峙一触即发。