日军包抄南京时，参与抗击的有一批广东军，少量桂军，还有一些湖南军。城里原来的镇守部队是第三十六师和第八十八师，以及几个所谓的南京师。广东军原是从上海周边撤退出来的，其兵力在日军几个星期的炮轰下已所剩无几。作为蒋委员长先前的精锐部队，第三十六师和第八十八师的兵力也在上海周边被大大削弱。但撤退至南京后，它们通过招募新兵已渐渐恢复元气。

与此同时，南京居民开始变得恐慌起来。程瑞芳是金陵女子文理学院成立的紧急委员会的一员，这一组织由明妮·魏特琳担任主席。程瑞芳在日记中记录了那些安全区内的公共建筑，尤其是部分学院是如何被那些躲避日军、寻求庇护的人群填满的。12 月10 日，蒋介石离开后不久，程瑞芳记录了席卷全南京的混乱，而此时的南京还未沦陷：“洋车没有了，路上男的、女的、老的、少的，都是自己挑、抬。飞机声、大炮声他们也不管，真是凄惨。”学院是逃难人群的主要目标，连图书馆里都满是人。窗上挂着“破衣服、破被和尿布，树上也同样挂着”。校园里的观光水塘也派上了用场，一边的水塘成了洗马桶、尿布的地方；另一边的水塘则成了洗衣的地方，有人也在那里洗碗。

作为给养资金来源的商业活动突然间中止了。虽然人们涌入了安全区，但紧急委员会也必须采取措施养活他们。程瑞芳就在学院门外设立了一个厨房，在那里分发米粥。第一天是免费的，而后，那些能够负担的人会稍微付一点钱。按原有计划，校园里只允许容纳2700 人，但不出几天，这个数字就激增至不可思议的地步。到12 月中旬，魏特琳实行了一套新规矩，他们在最贫穷的一批难民的衣服上缝上一个红便签，这样可以使食物分发更公平，保证那些真正的贫困者可以免费获得食物。在中国，当地精英阶层在危急关头向公众提供救济是一项历史悠久的传统，尤其是在封建王朝无力处理此类状况时。金陵女子文理学院紧急委员会的行为便是对这一传统的继承和发扬。

惊恐和混乱的气息弥漫在空气中，人们几乎可以嗅到。南京城极不寻常的最显著标志便是污水排量的激增。正如程瑞芳无可奈何的感叹：“吃进去事小，拉出来事大。”她如实描述了人们挤在没有卫生设施（甚至连马桶也没有）的小房间中的状况：“他们随地大小便，整个校园都污秽一片。几天来，情势每况愈下，你甚至不敢走进盥洗室，那气味不是常人能忍受的。有些人逃走时太匆忙，没有带夜壶，于是他们就用其他人的。更糟的是，有人就睡在粪坑里。”

大小便随处可见所造成的危害不仅仅是健康上的，也标志着中国在近几十年来认定的道路上发生了倒退。科技和新一代政府是中国实现现代化的两大明证，正因如此，中国人才会在自己的土地上反对帝国主义。而另一种现代化是“健康、卫生上的现代化”，即运用科学技术推进社会的整体卫生状况。随着中国城市的现代化，他们用下水道和排水系统向世界证明了自身取得的进步。但如今战争的影响却逆转了这一趋势，就像杨夫人在仅仅1 个月前逃离无锡时那样，现实清晰地展示了战争的丑恶。

12 月12 日，日本人实施了一次轰动世界的行动：他们炸沉了美国“帕奈”号炮舰。美国和英国的船舰就停泊在南京城外的长江上，其目的是警醒日本，虽然西方势力在中日冲突中处于中立，但它们并没有放弃自身的在华利益。日本飞机在没有发出任何警告的情况下，便直向美国炮舰俯冲而去并实施轰炸，造成3 人死亡，48 人受伤。日本政府承担了事故责任，并迅速向美国政府签发了220 万美元的补偿费用，同时坚称事件并非蓄意而为。一场本可能引发美日对峙的冲突因此得以避免。但“帕奈号事件”对英美是一种警示：西方国家不可能仅凭中立态度就置身于不断扩大的战争之外。