沈元来所不久，1963年《历史研究》第1期又发表了他的《洪秀全和太平天国革命》长篇文章，同年2月12日《人民日报》用一整版刊载他《论洪秀全》一文。新中国成立后《人民日报》从未以这样大的版面刊载学术文章，沈元得此优遇，再次博得满堂喝彩，一时间从南到北的学者，人人争说沈元，由此而派生出“沈元道路”一说。这“沈元道路”的说法据说是来自北京大学，其时北京大学历史系有人向中宣部控告，说沈元是右派，报刊这样发表他的文章，公然宣扬白专道路，对抗党的教育方针，这无异是说成了右派才有时间读书，这对担任党团工作的学生干部是严重打击。可这“沈元道路”的说法一传开，反响强烈，复旦大学的周予同在课堂上声称“我举双手赞成沈元道路”，先生的本意无非强调学生要有时间读书，别无深文大义。可是说者无意，听者有心，引发议论连连。沈元问题有人控告，有人赞叹，沸沸扬扬，这一下引起主管宣传部门的注意，为此也要有个说法，周扬亲自发话要学部就此问题进行调查，就这样我参与了这项工作。

调查的对象是近代史所的老中青研究人员，内容是他们对沈元的反映，凡被调查的人对沈元的为人和治学都有所称道。黎澍喜滋滋地说:“近代史研究要有十个沈元，面貌就能根本改观。”对一个小辈作出如此高度的评价，实在是前所未有，而且此人又曾是右派分子，此言一出所引起的震撼可想而知。调查结果认为，对沈元的使用完全符合党的政策，本人努力改造，积极工作，在街道监督劳动期间表现良好，在来所前已摘掉右派帽子，那就不应该以右派论处，文章的检查也没有发现政治错误。其实这一调查仅限于沈元个人，而对社会反响最激烈、最尖锐的“沈元道路”避而不谈，在当时情况下这是保护沈元、息事宁人的唯一办法，这也是从中央宣传部科学处到哲学社会科学部学术处的默契，作为参与调查工作的成员，大家也乐于保护一个难得的人才。其时沈元又写成《马克思主义与阶级分析方法》一文，但已不用本名而用“张玉楼”的笔名在《历史研究》发表，《人民日报》又加以全文转载。改用笔名就是有关领导在审阅调查报告后的建议。可这一举措未能完全平息风波，有些人在得知沈元还用笔名发文后，再次告状，甚至告到毛主席那里，不依不饶，一直到再也不让沈元发表文章为止。沈元是一个戴着深度近视眼镜、沉默寡言、循规蹈矩的书生，从来没有得罪过任何人，也没有伤害过任何人，只默默做他一份应职的工作。一些知识分子也与他无仇无怨，又何以这样咄咄逼人，置人于绝路？! 我百思不得其解。这份尚属圆满的报告是由范楚玉执笔起草的，“文化大革命”前她已调离。当风暴来临之际，我担心这份报告会给许多人惹祸，就私自销毁了，尔后在翻江倒海的查抄中，再也没有了它的踪影，但这记忆却永远留在我的心中。

事实上，“沈元道路”，也就是当右派才有时间读书的道路，是无法作出结论的伪问题。沈元骄人的成绩，是他的才华和努力的结果，作为右派成为另类，有可能被某些运动排除在外，省下参加运动的时间，但代之而来的是惩罚性的劳动和精神折磨，同样要耗去大量的精力和时间。所以“沈元道路”，并非赢得读书时间的出路，实际上这是知识分子对政治运动厌倦不满而又无奈的臆想，长年被剥夺研究时间的抑郁，无法作出研究成果而又无处诉说的痛楚，都借助“沈元道路”的发挥，一吐为快，这是知识分子被扭曲的心态。而这强加给沈元的声名，谁又知道在“文化大革命”中加重了沈元多少灾难?!

“文化大革命”到了，为沈元问题多少人遭受折磨! 周予同被打得跪在地上认罪，刘导生、黎澍不知挨了多少批斗，沈元可想而知。