对作为侵略者的日军来说，占领南京是他们“自建国以来第一次占领他国之首都”的“千载盛事”。为了迎接这一“千载盛事”，占领军遵照上司的指令，从进城的13日开始的数日内，便开始了所谓的“整治市容”和消灭“残敌”的扫荡军事行动。

原定的入城式是在15日。据说因为司令长官松井石根大将那几天身体欠佳，常卧床难起，加之“城内秩序尚未稳定”的缘故，就决定拖到17日。

13日到17日，这也是日军实施南京大屠杀人数最多的几天时间。在军事用语中，“扫荡”是非常清楚的字眼，那就是见敌人便消灭之意。“整治”这样的词是对外面说的新闻辞令，其实对拿枪的人和杀红了眼的人来说，连日军的将士后来也都认为，这就是“屠杀”的同义词。

掌握和了解这方面的史实，有个意外的发现是：笔者基本上看到的是日军方面的史料。

因为中国人——处在生死边缘的守城军人和百姓，在那些日子里但求能够保住一条命，不太可能还有谁能心平气和地记录身边所发生的每一个细节。只有爱记日记的日军将士倒是非常认真和清楚地记录了当时他们自己每天干些什么事——这也从加害者的角度让我们清晰地看到了南京大屠杀的真相。

比如在进城前的12月7日最高指挥官松井，就在向部队发布的命令中专门提到了在进城后要“各师团以一个联队为基干部队扫荡城内”这样的明确指令。13日进入南京城后，各部队下达的关于“扫荡”的命令就更多更具体了。如佐佐木的第30旅团在14日就下达了“扫荡”命令的十条内容，其中有“旅团于本日（14日）要彻底扫荡南京北部城区及城外”、“各部队至师团有指示前，不得接受俘虏”和出动“独立轻型装甲车”等内容。显然这样的“扫荡”对平民和放下武器的中国守城军人来说，就意味着被屠杀——“不得接受俘虏”的话很清楚：你即使是投降者，我也不接受你的投降，其结果当然是“死啦死啦”的。

进城的日军下属联队在13日后，也都相应作出了更具体的自己的“扫荡”命令。比如笔者看到一份《日步兵第38联队战斗详报第12号》报告，这份标明“昭和十二年十二月十四日”出笼的军情报告，详细记录了该联队14日下午下达“扫荡”命令的具体任务分配和全天战况及其“扫荡”结果，签名的是联队长助川大佐。在这份14日的“扫荡”报告后面还附了3个表，其中第二个表中列出了该联队当天出动的兵力和消耗子弹的情况，共消耗步枪机枪手枪子弹3097发。在第三个附表的“备注”一栏里有一句话非常特别和醒目：“第10中队奉命守卫尧化门附近而驻守该处。但14日上午8时30分左右，几千名敌人举着白旗来到该地。下午时解除武装后护送7200名俘虏到南京。”

关于这第10中队在14日所“接受”的7200名俘虏，另一个日军士兵的“日记”里清楚地告诉我们，这些俘虏后来迅速被押至下关的江边，全部被枪杀了。

在日军“步兵第7联队战斗详报”中，笔者还看到了出动山炮和坦克的内容，如“步七作命甲第105号（绝密）步兵第7联队命令”中有“应使用三分之二左右兵力”、“坦克中队（配合工兵小队长指挥的两个小队）应负责扫荡有特殊标记的道路”。这联队在之后的15、16、17号等日子里，都有相关的“扫荡”命令。也就是说，在那些日子里，进城的日军，基本上有三分之二的兵力主要用于在城内外“扫荡”——参与屠杀。

期间日军借“扫荡”之名到底屠杀了多少放下武器的中国军人和平民百姓，还是日军“军情”报告和他们的将士“日记”透露了部分内容：

国崎支队，是日第10军的王牌部队，用我们的话，它是一支刽子手特多的“魔鬼部队”。在这个支队的12月14日“军情报告”中有这句话：“了解到江心洲上有不少残兵败卒，就让该守备部队在独立山炮第10联队的协助下负责扫荡该岛。