紧接着，在惩治年羹尧的过程中，雍正发现吏部官员决策不够果断，就怀疑是隆科多从中作梗，因为朝中只有隆科多有这么大的权力。于是，雍正又借题发挥，说这是“舅舅隆科多有意抚乱之故”，勒令都察院对吏部及隆科多彻查。很快，彻查的结果完全印证了雍正皇帝之前的猜测。于是，雍正顺势削夺了隆科多的太保头衔，把他发配到西北宁夏地区的阿兰善去修城。

与此同时，雍正还特地跟宁夏官员说，对待隆科多，你们不必行礼，不必过分尊重，该怎么着就怎么着。可见，在雍正的心目中，隆科多已经不再是原来的第一功臣了。

雍正四年（1726年），中俄两国就边界等问题进行交涉，雍正认为隆科多有“办事之才，尚属可用”，因此便让隆科多戴罪立功，前往边境之地和俄国代表谈判。或许是受到雍正这一指示的影响，隆科多在和俄国代表谈判时，态度非常坚定和强硬。

但还没等隆科多戴罪立功，另一件大案就发生了，这件大案直接导致隆科多的锒铛入狱。原来，朝中有人揭发隆科多私藏玉牒，于是雍正便对隆科多的家人、奴仆进行严刑审讯，最终查实了此事。因此，在雍正五年（1727年）八月，还在谈判中的隆科多被押解回京。

也许很多人会有疑问，这私藏玉牒到底是什么罪，竟能让雍正连夜逮捕隆科多？这里所谓的“玉牒”，其实就是爱新觉罗家族的皇室宗谱，按照当时的朝廷规矩，除了宗人府，其他人一律不得翻看，如果是因为公事要翻看，也必须经过皇帝的许可，而且要“敬捧阅看”。但不知为何，或许是有收藏的癖好吧，隆科多不仅没经皇帝允许翻看了玉牒，还把底本私藏在了家中，这可是大不敬之罪。

当然，如果把这事放到从前，也根本不算是什么要紧的事，更何况隆科多还是皇帝的家里人，翻看、私藏一下又能如何？但还是那句话，今时不同往日，此时的隆科多已经被雍正皇帝盯上，只要你犯一丁点错误，就会被雍正抓住并治罪。

事实也是如此，隆科多被押解回北京之后，雍正就开始对“舅舅”隆科多的罪行进行清算。同年十月，雍正令王公大臣议隆科多的罪行，一共罗列了四十一项罪状。对于这四十一项罪状，雍正表示，其中的许多罪行按律都该处以极刑，但念及隆科多年迈，又尚有功劳，可免其一死，囚禁于畅春园附近的一个小房子里，这相当于给隆科多判了个无期徒刑。一年之后，也就是雍正六年（1728年）六月，隆科多因身心交困而死。

许多人论及年羹尧和隆科多的人生悲剧，往往从鸟尽弓藏、兔死狗烹的角度来分析，然后把责任推到雍正身上，说雍正是卸磨杀驴、诛杀功臣。

这样分析虽然不无道理，但是，当我们回顾年羹尧和隆科多的败落过程时，不难发现，年羹尧和隆科多之所以会落得如此凄惨的下场，很大程度上是年羹尧和隆科多的咎由自取。

整饬吏治，清查亏空，充实国库，打击贪赃不法，这是雍正一上台就大力推行的国策。如果年羹尧和隆科多聪明的话，就应该体会到雍正的心思，并以身作则，不结党营私，不招权纳贿，不贪赃枉法。然而，年羹尧和隆科多却沉浸在功臣的荣耀之中，纠结朋党，扰乱朝纲。一个在西北花钱如流水，大肆贪赃受贿、侵吞钱粮、滥冒军功，最后被下罪抄家时，查抄的数额总计达数百万两之多；一个大肆卖官鬻爵，收受贿赂，而且为了掩人耳目，还将大量赃款寄存在亲友家中，最后抄家时，被查抄出金八百两、银四十九万七千八百两。年羹尧和隆科多二人均如此居功自傲、贪婪不法，完全违背了雍正的政治理念和政治思想，如此说来，年羹尧和隆科多的毁灭是从一开始就注定了的。