陈独秀到杭州后，在杭州陆军小学担任历史、地理教师，以维持两人生计。此间，陈独秀除与刘季平、马一涪沈尹默等人诗酒自娱外，也常陪高君曼游览杭州名胜。这是高君曼嫁给陈独秀后最甜蜜最平静的一段日子。

但陈独秀终究是追求革命的有志青年，不愿被生计以及生活琐事所羁绊，更不可能长期安于“闭门弄朱弦”的隐居生活，每每想起为国捐躯的吴樾等人，想起远他而去的好友章士钊、苏曼殊等人，心中便会隐隐作痛，为此特作《存殁六绝句》，表达对亡友的哀思，其六写已故的葛偱叔和在世的苏曼殊，诗云：

曼殊善画工虚写，

偱叔耽玄有异闻。

南国投荒期皓首，

东风吹泪落孤坟。

这阶段时间，陈独秀虽没有什么大的举措，但一直在探索寻求革命的出路。1911年10月，辛亥革命爆发，陈独秀看到了革命成功的希望。安徽宣布独立后，新任都督孙毓筠邀请陈独秀出任安徽都督府秘书长。陈独秀欣然受命，于当年12月偕高君曼返回安庆，入住宣家花园，随即走马上任。

当时孙毓筠吸食鸦片，对政事疏于管理，许多工作便落到陈独秀这个秘书长身上。陈独秀很珍惜这个机会，决心大干一场，大刀阔斧地革除旧弊，振兴皖剩但由于陈独秀急于求成，又性格耿直脾气急躁，说话办事直来直去，在都督府四处树敌，做得很不顺心，后来见孙毓筠也不支持他的工作，愤而辞职，到安徽高等学校任教务主任。

然而，陈独秀在教育上的激进做法，同样惹得学校师生不满，当他提出离开学校时，校长马其昶竟满心欢喜，大大松了口气。

1912年4月，孙毓筠无力左右形势，将都督之位让与时在浦口的柏文蔚。柏文蔚6月出任都督，再次敦请陈独秀出任都督府秘书长。此回与上次不同，柏文蔚对陈独秀敬重有加，言听计从。但陈独秀性格使然，对周围人仍是直来直往，对柏文蔚也不例外，毫不顾忌对方的感受。

有一回，柏文蔚派的对头管鹏派一人到都督府，对柏文蔚出言不逊：“今日得以见到柏公，实乃三生有幸，像柏公这样碌碌无为之将军，海内仅有埃”说得柏文蔚满脸通红，无以反击。此时陈独秀正好在场，作为秘书长本应替上司解围，但陈独秀认为说者一语中的，在一旁哈哈大笑，令柏文蔚更加难堪。

回家后，陈独秀又对高君曼说：

“好一个‘碌碌无为之将军，海内仅有’，真是恰到好处，妙不可言。”

“话不能这样说，”高君曼提醒道，“没有柏文蔚的碌碌无为，哪有你大显身手的机会。”

陈独秀不得不承认，高君曼的话不无道理。而且，柏文蔚虽庸庸碌碌，却也大肚能容。他了解陈独秀的直率，并不与之计较，因此两人相处融洽。