自从陈庆元去世后，其妻张氏悲伤过度，身体一直不好，又遭此惊吓，在小儿子放回不久便去世了。此后，谢氏用为数不多的家产养着陈独秀的原配夫人及四个儿女，还有陈独秀大哥的两个孩子，日子过得十分艰难。

而陈独秀和高君曼的流亡生活也不好过，逃往上海前，陈独秀在芜湖被捕，险些丧命，所幸皖军副司令张子刚实行兵谏，柏文蔚亲赴芜湖相救，陈独秀才逃过一劫。到达上海后，陈独秀打算写一部《新体英文教科书》以糊口，若放在以前，只养活他自己一人，或许不成问题，如今拖家带口，四张嘴等着吃饭，陈独秀实在支撑不了，一家人只能过着饥一顿饱一顿的日子。

好在春天的时候，汪孟邹接受陈独秀的建议，将芜湖的科学图书社搬到上海，在上海四马路惠福里筹办了“亚东图书馆”。陈独秀揭不开锅的时候，就到亚东图书馆找汪孟邹聊天，尽管绝口不提借钱，汪孟邹总能猜到他家中断炊，会主动拿出一些钱接济陈独秀一家四口。

但汪孟邹的亚东图书馆很不景气，对陈独秀的接济也很有限。1914年春的一天，汪孟邹兴冲冲来到陈独秀的住所，告诉他一个好消息：

“章行严（章士钊，字行严）在日本创办了一本《甲寅》杂志"

“你是怎么知道的？”陈独秀一听喜出望外。

“王先生告诉我的，他给行严在上海做发行。”

“真是太好了！我马上给行严去信，倘使有着落，我便去日本。”

由于陈独秀编写的《新体英文教科书》发行很差，原定的编写四本，只好编写完二本作罢，如今正无事可做，生活毫无出路，听了这个消息，阴沉了很久的脸上终于露出了笑容。

但是，章士钊的回信令陈独秀大失所望。首先，章士钊正准备去欧洲旅行；其次，《甲寅》创刊不久，发行并不理想，能否办下去尚是未知数。陈独秀只好等章士钊旅欧回日再作打算。

6月，天开始热起来，望着两个嗷嗷待哺的孩子，陈独秀心情更加烦躁。7月，陈独秀将妻子儿女托付给汪孟邹照顾，只身前往日本投靠章士钊。章士钊见到陈独秀，高兴之余不无伤感：

“你来了当然好，可只能和我们过穷日子，穷得只有一件汗衫，整日与虱子为伍。”

“哈哈，没关系。”陈独秀放怀大笑，“饿不死就行"

这是自二次革命失败后，陈独秀第一次如此兴奋，在《甲寅》编辑部出入的一班朋友中，陈独秀又恢复了往日无拘无束的快乐。此间，苏曼殊自国内而来，三个老朋友相聚，更是感慨良多。在这里，陈独秀第一次见到李大钊，李大钊比陈独秀小10岁，当时在早稻田大学读政治，已经读了一些马克思主义的著作，与陈独秀在政治观点上多有探讨。

当年11月，陈独秀首次以“独秀”署名，在《甲寅》1卷4号发表文章《爱国心与自觉心》，曰：“国家国家，示行下法，吾人诚无之不为忧，有之不为喜。吾人非咒骂尔亡，实不禁以此自觉也。”称辛亥革命之所以失败，就是“没有唤起多数国民之自觉”，在日本留学生中掀起轩然大波。

然而好景不长，就在陈独秀踌躇满志在《甲寅》杂志不吐不快之时，1915年春夏之际，接到好友汪孟邹来信，告知高君曼染上肺疾，咯血不止，陈独秀不得不于6月中旬返回上海。