国共合作建立后，北洋政府发生变故。1924年10月23日，第二次直奉大战期间，冯玉祥突然倒戈发动北京政变，囚禁总统曹锟，暂时控制了北京政权。当日，冯玉祥即通电邀请孙中山进京共商国是，同时邀请皖系段祺瑞出山主持大政。

对此，陈独秀在10月29日发表的《北京政变与中国人民》中称：“此次北京政变，显然是英美帝国主义者抛弃了一个旧工具——吴佩孚，另换上一个新工具——冯玉祥，这个新工具比旧工具更柔顺服从一点。”

11月4日，孙中山接受冯玉祥邀请，主张北上召开国民会议，以解决目前时局。中共党内对此争议较大，特意召开会议讨论。陈独秀和彭述之、蔡和森起初反对孙中山北上，认为这是在与段祺瑞妥协，是军事投机行为。但经过一番讨论后，陈独秀等人开始由反对变为支持。12月3日，陈独秀在《国民会议及其预备会议》中写道：

“我们为什么赞成国民会议？第一，因为这个会议无论将来成功或失败，眼前便给我们以民众的政治活动之机会；第二，将来成功固佳，即失败也能够给一部分人以革命需要的教训。”

在两党推动下，国民会议促成会全国代表大会于1925年3月1日在北京召开，然而3月12日，孙中山在北京病逝。随之而来的，是国民党内主要负责人汪精卫、胡汉民、廖仲恺、许崇智的权力争夺与分配。

8月20日，廖仲恺遇刺。在为“廖案”成立的“特别委员会”中，时任军事委员会委员的蒋介石，得以与汪精卫、许崇智同任“特别委员会”委员。随后，汪精卫先是挤走与廖案有关的政治对手胡汉民，又由蒋介石设计驱逐许崇智。

伴随着国民党内部的分化，统一战线内领导权的争夺也日趋激烈，国共关系日趋复杂。

中共在此前1月中旬召开的“四大”上，曾针对国民党内左右派分化问题，提出无产阶级在民主革命中的领导权问题，指出在中国资产阶级民主革命中，无产阶级不是以附属于资产阶级的身份参加，而是以自己独立的地位和目的参加。

但在9月28日开幕的中共中央四届二中全会上，共产国际执委会却指示中共中央：

“党团无论如何不应发号施令；共产党不应要求必须由自己的党员担任国家和军队的领导职位。相反，它应当竭力广泛吸引不是共产党员的国民党员参加负责工作。”

共产国际执委会东方部负责人瓦西里耶夫，由于担心陈独秀等人与国民党争夺领导权，特地在10月2日四届二中全会闭幕当天给维经斯基来信，要他明确转告陈独秀，放弃做领导的努力。

11月23日，国民党中央执行委员邹鲁、林森、监委谢持等人在北京召开“国民党一届四中全会”，宣布停止广州中央执行委员会职权，撤销“容共”政策。由于此次会议在北京西山碧云寺召开，所以这些人被统称为西山会议派。

会后，西山会议派在上海组织“国民党中央”，与广州国民党中央相对抗。

为了缓和局势，陈独秀在维经斯基的支持与帮助下，在上海苏俄领事馆会见孙科、叶楚伧、邵元冲，“商谈国共关系问题”，明确表示中共不包办国民党事务，也不希望在国民党中央执行委员会中增加共产党员的人数，希望孙科等人回粤参加国民二大。

参加这次会谈的张国焘，受陈独秀指派，于12月中旬前往广州，代表中共中央指导参加国民党二大的中共党团活动，要求在二大选举中，共产党员在国民党中央领导机构中不超过三分之一。