张国焘投靠国民党伊始，受到蒋介石的重视，得到军统特务头子戴笠的保护，戴笠特地在武昌安排了一栋漂亮的小洋楼，供张国焘一家居祝至于工作去向，张国焘已经想好，所以当陈立夫奉蒋介石之命向他征求意见时，张国焘毫不犹豫地说：

“我想做一份刊物，从思想理论上揭发共产主义不适宜中国的种种论据，唤醒一般青年人的幻觉，令他们迷途知返。这是反共基本有效的办法，但是缺乏资金，需要政府接济。”

但当时国民党人都把张国焘看成了“无价之宝”，纷纷抢着向蒋介石要人，既有中统的陈果夫、陈立夫，又有军委会政治部的人，还有胡宗南、康泽等人。蒋介石最后还是决定“好钢使在刀刃上”，以至于蒋介石在亲自对张国焘宣布工作安排时，张国焘惊得目瞪口呆。

那是张国焘第二次见蒋介石，蒋介石指着站在他身后的戴笠，礼貌而又严肃地说：

“我想请张先生给他帮帮忙。”

当特务，是文人出身的张国焘做梦都不会想到的事，但纵使他有一百一千个不愿意，也不能一踏进国民党大门就“讨价还价”。武汉失守后，张国焘经桂林转赴重庆，正式并加入军统。为表示对张国焘的重视，蒋介石特地委任他为军事委员会中将委员。尽管是一个空头衔，但也显示了他与众不同的身份。

到军统后，张国焘主持“特种政治研究室”，任少将主任，为国民党特务组织策反中共人员出谋划策。他还主办了“特种政治工作人员训练班”，为专门对付共产党训练特务。