然而，更大规模的杀戮，接踵而来。四月十三日清晨，程学启率三营及水师，由大河直抵正义镇。昆山西面是阳澄湖，北面为巴城湖，南面为青阳江，通往苏州，只有正义镇一条旱路。李鸿章判断：“我军必先据其后路要隘，使城贼胆落，则破之必矣。且破城后，不致一名漏网。”因此，程学启以重兵夺取这个通道，目的就是要把昆山的太平军一网打尽，赶尽杀绝。

为了把正义镇牢牢掌握，淮军出动了三个营、常胜军两百多人携带多门火炮，加上水师的多条战船。中开营洋枪队居中策应，各营分路进击。一颗一颗炮弹准确地落在太平军营垒上，腾起团团尘土。枪弹横飞，喊声震天。淮军发起一波一波连续的冲锋，终于攻陷了太平军营垒，消灭了两三千守军。常胜军会合水陆各军，衔尾追击，一路又杀了三四百人。

正义镇失守，令昆山城内的太平军感到绝望了，他们集结了最后的精锐部队，试图突破重围。城门一开，汹涌而出。李鸿章记叙：“（慕王谭绍光）退无所归，复率三四万贼直扑我营，当督诸军前往抵御，各水师亦开炮夹击，擒斩二三千名，贼乃奔溃，我军乘胜逐北，毙贼尤众，余匪败回昆城。”昆山太平军士气至此已趋于瓦解，郭松林仅以一支四百人的小队，就俘虏了三千多太平军，并押解到上海。

淮军各路会合，把昆山围得水泄不通。黄昏，太平军组织第二次突围，从小西门冲出。李鸿章以令人惊悚的笔触，描写了战争史上残酷的一幕：

果见慕逆等纠合大股由小西门一路拼死猛扑，意在夺路狂奔。因排列洋枪迎击，我伏兵四起，呼声震天，水师炮船连环轰打，贼不能支，纷纷回窜，自督洋枪突入贼队，郭松林左右冲突，斩杀伤毙者不可数计，两岸积尸数尺，河水为之不流……枪船由水关潜进，刘士奇等各架云梯，蚁附而上，遂于十四日卯刻将昆山、新阳两县克复。其守城各逆无路奔逃，尽行剿灭。计一日一夜生擒悍贼七千余人，轰毙斩毙二三万人，落水死者无算。

李鸿章给曾国藩的信中，报告战况，也写得十分骇人：“昆新克复，查得踞贼与援贼擒杀淹毙，实有二三万人，千汊百港，漂尸浮油。”他写给左宗棠的信，也掩饰不住得意：“昆新于四月十四日克复，程镇学启先督军扼断正义、唯亭去路，遂将伪慕、凛王两大股屠戮殆尽，漂尸约三万余，稍快人意。”