迄今为止，在北京大学校长任上，任期最长的校长非蒋梦麟莫属。从“五四”运动后起代蔡元培主持北大日常工作，至1946年正式离开北大止，除了中间有几年因工作变动短暂离开北大外，蒋梦麟前后为北大奉献了二十余载的青春岁月，其任职时间之长，在北大百余年校史上可谓是绝无仅有。

1919年初，从美国学成归来的蒋梦麟被聘为北大教育系教授兼总务长，成为北大校长蔡元培治校的得力助手。“五四”运动爆发后，蔡元培被迫离京南下，蒋梦麟临危受命，以代校长的身份代理北大校务。此时的蒋梦麟不过30出头，他“谨守蔡校长余绪”，坚持“学术自由、教授治校，以及无畏地追求真理”等三项治校准则，全面主持北大工作，也从此开始了他长达近二十年之久的北大之缘。在主持北大工作的第二年，蒋梦麟就提出不能满足于国内一流、应追求国际地位的北大远景目标，开始了跻身世界一流大学的竞争之旅。

1930年12月，蒋梦麟辞去国民政府教育部长一职，正式出任北大校长，并一直到抗战结束。在长达15年的校长任上，蒋梦麟借鉴美国的大学教育制度，追求高等教育的正规化，开始了北大教学和科研制度的改革。提出“教授治学，学生求学，职员治事，校长治校”的口号；实行教授专任，推行学分制，授予学位，要求学生撰写毕业论文等。同时针对北大因崇尚“大度包容，思想自由”的“精神特点”而滋生的“纪律弛，群治弛”的负面效应，蒋梦麟全力以赴，致力于“整饬纪律，发展群治，以补本校之不足”。在执政北大期间，蒋梦麟科学务实、勇于担当、敢于负责的精神人所共知，为选聘优秀师资，他曾授权文、法、理三学院的院长放手“向全国挑选教授与研究的人才”，而自己则承担辞退旧人这种得罪人的事，此举深受胡适好评，胡适赞其为是一位“有魄力、有担当”的校长。正是在他领导下，才使得北大在政局动荡的战乱年代依然保持了教学科研的稳步上升，堪称奇迹。可以说北大成为中国一所现代性的大学，蒋梦麟功不可没。

毋庸置疑，北大首任校长蔡元培于北大的意义居功至伟，但从开始北大现代化的角度看，作为接替蔡元培任北大校长的蒋梦麟同样意义重大。可惜的是，在很长一段时期内，蒋梦麟却受到了历史的冷落，甚至在北大校庆活动中，居然也很少见到蒋梦麟的名字。直到1998年北大百年校庆前夕，旨在“以此来纪念北京大学在中国文化史上的特殊地位和贡献”的《北大校长与中国文化》（修订版）一书才有了关于蒋梦麟的纪念文章。对于蒋梦麟遭受的不公正待遇的现状，北大校史研究专家陈平原曾明确表示：“很可惜，在大量有关北大的出版物上，蒋校长的地位相当尴尬……”

然而，蒋梦麟似乎并不在乎时人的评价，更不关心所谓的名利。在上世纪50年代的一次北大周年纪念会上，蒋梦麟曾和傅斯年戏言说，蔡元培、胡适两位北大校长是北大的“功臣”，自己只不过是北大的“功狗”而已。这也许体现出北大校长蒋梦麟幽默大器一面。