双方的对话交流缺乏热情洋溢的气氛。为了给就职典礼做安排，杰斐逊不得不给他的亲戚，约翰·亚当斯任命的首席大法官、联邦党人约翰·马歇尔写信。仅仅几天前他还是杰斐逊竞争总统宝座的潜在对手。杰斐逊写道：“既然两院已收到举行时间的通知，我猜想您会理解我希望务必严格守时。”马歇尔复信说他会“特别注意守时”。

两人都很准时。1801年3月4日星期三近午时分，当选总统托马斯·杰斐逊准备从康拉德–麦克蒙公寓步行前往不远处的国会大楼。约翰·亚当斯并不在场。这位美国第二任总统早已计划搭乘凌晨点的马车离开华盛顿，启程北上返家（据说他途经纽约时“风驰电掣”）。《马萨诸塞侦查报》撰文称：“假使他能够逗留到继任者正式就职后再走，两党中理智的温和派人士会较为满意，也定会产生良好的效果。”然而，1800年11月亚当斯之子查尔斯亡故，亚当斯仍沉浸在丧子之痛中，加上阿比盖尔在马萨诸塞州的家中期待他早日归来，他已迫不及待离开首都。尽管亚当斯后来度过了1/4个世纪的春秋，但他再也没有返回华盛顿。

国会山上炮声在杰斐逊寄居的公寓外回响：哥伦比亚特区炮兵部队鸣响了礼炮。上午时分，塞缪尔·哈里森·史密斯造访，来取一个小包：杰斐逊用工整的小字抄写的就职演说的副本。副本将拿去排版，并在《国民通讯员报》上发表。

10点，来自弗吉尼亚州亚历山德里亚市的一连步兵抵达，组成了一小支游行队伍。将近午时，杰斐逊走到室外，与护送他参加就职典礼的一批军官会面。国会议员代表们加入了护送队伍，他们跟随着这群军官前往国会大楼。军人们分成两列，抽出宝剑，请杰斐逊通过。他步行经过时，军人们立正、敬礼。炮声再次震响，声音回荡在山顶村庄的上空时，杰斐逊走进了国会大楼。

约有1000人在参议院会议厅等候着他。一位立法者在给妻子的家书中这样描述会议厅：“大厅雄伟壮观，装设富丽堂皇。”房间长86英尺，宽48英尺，顶高41英尺。每位参议员都有一张桌子和一把红色皮椅。玛格丽特·贝亚德·史密斯写道，会议厅“太拥挤，我相信什么东西都进不来了”。当杰斐逊向大厅中部走去的时候，参众两院的议员们纷纷起立以示敬意。

马歇尔主持就职宣誓仪式之后，托马斯·杰斐逊发表了他的就职演说。他用微弱的声音—在如此拥挤的房间里很少有人能听清—宣读了美国历史上意义最为深远的国家文件之一：一份争取自由与克己自制的声明。