杰斐逊接管总统官邸之后，他下令拆除草坪上一处木质厕所，派人把建造“构造精良的……盥洗室”所需的材料从费城送来。在蒙蒂塞洛已经习惯当一家之长，杰斐逊在总统官邸力求建立起同样的家风。他决定哪些家具保留，哪些家具处理掉。原来亚当斯家人用作正式会客的房间（今美国国家宴会厅）被他选作办公室，一楼椭圆形的房间（今美国白宫蓝厅）被改成了画室。他下令在官邸里安装唤铃，这样他就可以随时召唤佣人。这个便利装置亚当斯一家考虑了很久，而杰斐逊在入住最初的几个月就完成了。管家拉潘向他随时汇报装修和改建的进展。不久艾蒂安·勒迈尔成了杰斐逊在华盛顿的总管。

杰斐逊内阁成员代表着国家的几大主要地区：来自弗吉尼亚州的詹姆斯·麦迪逊被任命为国务卿，宾夕法尼亚州的艾伯特·加勒廷就任财政部部长，来自马萨诸塞州的亨利·迪尔伯恩成为战争部部长，利瓦伊·林肯即将获任司法部部长，来自马里兰州的罗伯特·史密斯成为海军部部长。

任命加勒廷实为精明睿智之举。加勒廷761年出生于瑞士日内瓦，1780年来到美国，在美国独立战争中参过军，在哈佛教授过法语，精通金融，曾担任一系列竞选职位（其中包括十分短暂的参议员席位，由于不符合美国公民身份的要求于1794年被解职）。在施行“外侨法和惩治叛乱法”的日子里，1798~1800年美法准战争的动荡岁月中，加勒廷是众议院共和党的重要领导人。他和他第二任妻子汉娜与杰斐逊交情甚笃，后者信任他在财政及政治方面提出的建议。他于1801~1814年担任美国财政部部长一职。

列出共和党在国会和各州的获胜情况后，法国外交官路易–安德烈·皮雄向巴黎报告，杰斐逊处于巅峰状态。美法冲突正盛期间，看似不可战胜的联邦党走向衰落，令人震惊。皮雄说：“衰落之迅速实在令人瞠目。”甚至新英格兰地区也受到了共和党的崛起的影响。“因此，我们可以预言，杰斐逊先生仅会面临微弱的挑战”，皮雄写道，西部人口的扩张只会扩大杰斐逊的权力，因为这些人会“无一例外地反对沿海城市”。

兴致勃勃的新任总统用他偏爱的航海作喻。“我们所经历的暴风雨曾横行四野，”就职典礼两天后杰斐逊给约翰·迪金森写信，“我们的‘阿戈斯’号的坚固程度受到了最严苛的考验。她的力量经受住了风浪，即使她被驶向那个方向的目的就是希望她沉没。我们要把她调转到共和党的风向上，让她以优美的动作展示其建造者们的能力。”

英国科学家、神学家约瑟夫·普里斯特利则尽情发挥了自己的历史想象力：“我们不能再说普天之下没有新事物了。人类历史上的这一章是崭新的，共和国版图之广是崭新的，人口之稀少是崭新的，席卷这片土地舆论浪潮是崭新的。”

杰斐逊就是如此理想化，但他也是现实的。“即使可以随心所欲地做正确的事，我也能觉察到，基于理性思考和经验证明的改革，多多少少总有无法诉诸施行的，”他写道，“然而，当我们思索驱动或改变这架社会大机器操作之难，骤然将全体人民的观念转变到理想境界之不可为，我们就会发现梭伦的智慧之处，他说，行事即使合乎情理，也不可超出国家可承受的限度。因此，我们的当务之急是改革浪费公帑的行为，赶走那些靠此敛财的贪婪人士，这可视为对墨守成规上的稍作改动。”

杰斐逊还生动又直言不讳地形容联邦党人是一群疯子：“他们的领导人是一群重症不治的患者，和其他医院里的精神病人一样，享有受保护和受照顾的权利。”然而，希望仍然存在—对于杰斐逊而言，哪里有自由，哪里就有希望。“这段时期令人不快，”他说，“但是他们证明了一条有价值的真理：正直善良的公民永远不会对民主共和国感到绝望。”