第一位女学生

蔡元培向来提倡男女平等，早在上海时便创立爱国女校，支持女性入学读书。有女生托人问蔡元培：北大能否招收女生？蔡元培就问：她敢来吗？有人问蔡元培：为什么北大不招收女生？蔡元培巧妙地回答：大学本来就没有女禁。我国教育部所定的大学规程，并没有专收男生的规定。在招考期间，我们也准许女生来考试，合格便可以入学。

此后，蔡元培又在演讲中强调了自己对于北大招收女生的肯定态度。消息公开后，便有女生来报考北大。1920年，江苏女学生王兰报考北大合格，成为了北大第一位女学生。

教授治校与学生自主

教授治校是蔡元培在北大的另一项开创性改革。蔡元培借鉴德国大学的民主之风，将北大行政体系重组为四个部分：评议会、行政会、教务会议和总务处。评议会负责立法，行政会议负责行政，教务会议负责学术，总务处负责事务。这种行政体制充分发挥了教授在学校管理中的作用，同时也发扬了北大的民主之风。

蔡元培还在北大办杂役夜班、平民学校、平民演讲团、学生银行、消费公社等，还有《新潮》等杂志，改变学校旧有的官僚习气，激发学生的自主精神和服务社会能力。在学校管理中，他也听取学生意见。学校有一个杂工，因为好学有了相应的能力，几位学生给蔡校长写信，希望提拔这个杂工到更合适的位置，蔡元培就让他担任了文科部门的抄录工作。北大学生的民主担当精神就是这样一点一点培养出来的。

教育独立

蔡元培提倡教育独立，并于1922年发表《教育独立议论》一文，提出“教育事业当完全交与教育家，保有独立的资格，毫不受各派政党或各派教会的影响”。教育事业要超然于政党与教会之外，是蔡元培教育独立的基本准则。他在北大为北大广延名师的同时，也辞退不合格的外国教员。英国教员被辞退后，英国驻华使馆官员来交涉，蔡元培还是坚持原来的立场。使馆官员放言说：“蔡元培是不要再做校长的了”，他只是一笑置之。

如果说“兼容并包”体现了他“有容乃大”，“思想自由”“教育自由”，则体现了他“无欲则刚”。“有容乃大无欲则刚”也是多年后北大教授季羡林赠送给北大学生张曼菱的人生座右铭。

辞职

由于经常接触政府，蔡元培渐渐对堕落的官场心生厌恶。蔡元培曾说：“自从任了半官式的国立大学校长以后，不知道一天要见多少不愿意见的人，说多少不愿意说的话，看多少不愿意看的信。想每天腾出一两点钟读读书，竟做不到，实在痛苦极了。”

教育总长彭允彝干涉“罗文干案”成为了蔡元培再度辞职的导火索。吴稚晖曾评价蔡元培具有“律己不苟而对人则绝对放任”的性情，这一次，蔡元培在人格上终于无法与政府为伍，忍无可忍的蔡元培于1923年1月提出辞职，离开北京后远走欧洲。黎元洪政府没有批准蔡元培的辞职，给他保留了北大校长的职位，由于蔡元培已经远赴欧洲，北大校长由蒋梦麟代理。

创立大学院

1927年,已经回国的蔡元培向国民政府提案,创立大学院取代教育部,意在改革日渐官僚化的教育部，成立一个真正的管理教育与学术的机关。同时效仿法国学区制度，在中国设立大学区，区内设一大学，大学校长掌管区内一切教育事务。国民政府批准了在中国试行大学区制度，蔡元培出任大学院院长，广东、浙江、江苏三省成为大学区的第一批试点。

然而,蔡元培谋求教育独立的主张没有持续太久,不到一年,国民党内便出现了反对的声音，有人甚至质疑大学区中的“大学”二字有蔑视普通教育的嫌疑，并建议再设立教育部，与大学院并列。反对者越来越多，蔡元培于是辞去了大学院院长，三省建立的大学区也随即取消。

蔡元培一生追求教育独立，提倡自由民主，希望在中国植入一种全新的教育观念。梁漱溟评价蔡元培“一生的成就不在学术，不在事功，而只在开出一种风气，酿成一大潮流，影响到全国，收果于后世”。