李方桂板着脸颇为严肃地说道：“在我看来，研究人员是一等人才，教学人员是二等人才，当所长做官的是三等人才。”傅斯年闻听此言，顿时面红耳赤，张口结舌说不出话。待回过神来，额头上已是汗珠点点，他掏出手巾一边擦汗一边眨巴着眼睛看了看李方桂，知趣地躬身作了一个长揖，退出说：“谢谢先生，我是三等人才！”[6]

傅斯年懵懵懂懂地挨了一枪狼狈地溜走后，李方桂静心一想，觉得自己刚才的言语有些过火，遂有几分悔意。在以后的日子，李氏自动低调处理与傅斯年的关系，两人在表面上又成了相互依托的朋友。当史语所在昆明的最后日子，由于傅斯年常在重庆中研院总办事处料理事务，史语所的工作在李济、梁思永、董作宾等重量级大腕均不乐意出面主持的情况下，傅氏只好委托李方桂全权代理。当史语所迁往四川李庄板栗坳，傅斯年分配完房子回重庆后，史语所的工作仍由李方桂以代理所长的身份出面主持。

此时，被架到代理所长椅子上的李方桂，与傅斯年的个人关系，仍然只是“表面的朋友”而已，二人很难倾心相交。正如多少年后李方桂在美国加利福尼亚州莱伍德市他的别墅中，对自己的口述纪录者所言：“除了普通的学术上联系外，我们很少有共同的话题，因为我们的研究领域不同。当然作为朋友，又另当别论……当然啦，首先他是研究所所长，位置高高在上，再者……”[7]

也许是处于为尊者讳的考虑，向以处事谨慎，不善张扬著称的李方桂，没有向他的纪录者透露这个“再者”之后的省略号中隐含着什么具体内容，甚至对他的夫人、北洋政府名宦徐树铮之女徐樱都讳莫如深。而这位李夫人也曾带着不解对外界披露道：“傅斯年从未成为他（李方桂）的知心朋友，也不知道是为什么。”李方桂接着解释道：“傅斯年人挺好，在政治方面他颇是个人物。他是研究所所长，一度曾是叫什么参政员之类的政界人物……因此他太忙，而我这个人又对政界没兴趣，自然就同他无话可谈喽！”仍然是遮遮掩掩，犹抱琵琶半遮面，不肯竹筒倒豆子。但从李氏晚年的言谈语气中，可以看出他对傅斯年在政治上的所作所为，是颇有些轻视鄙薄意味的。