米开朗琪罗以禁欲、不安的态度看待性，这点具体呈现在他给孔迪维的一项建议中。他告诉这个弟子，“如果想长命百岁，就绝不要做这档事，不然也尽可能少做”。他刻画《圣殇》中的圣母像时，心里就隐藏着这种禁欲观。雕像里做儿子的已是个大人，做母亲的却还如此年轻，因而引来批评。但米开朗琪罗若听到这样的批评，大概不会接受。他曾问孔迪维，“你难道不知道，处子之身的女人比非处子之身的女人更显青春？淫欲会改变处女的身体，而处女若从无淫念，连一丝丝淫念都没有，那青春还能更长久”。

米开朗琪罗在这幅画右半边的夏娃身上，则无疑留下了淫欲的印记。在《堕落》中，夏娃年轻的胴体斜倚在石上，双颊红润，姿态撩人（有人说是米开朗琪罗笔下最美的女性人物之一）。但到了右边的场景，遭天使逐出伊甸园的夏娃，变成奇丑无比的老太婆，头发凌乱，皮皱背驼。她缩着身子，双手掩住胸脯，和亚当一起逃出伊甸园，亚当同时伸出双臂，欲抵挡天使挥来的长剑。

米开朗琪罗担心房事会削弱人的身心，可能是受了学者马尔西利奥·费奇诺的影响。费奇诺写了篇论文，探讨性如何消耗元气，削弱脑力，导致消化和心脏功能出问题，有害于做学问之人。费奇诺是教会任命的牧师，潜心吃素，以禁欲、独身而著称。但他也与名叫乔凡尼·卡瓦尔坎特的男子谱出恋情（精神式而非肉体之爱），曾写给这位“我挚爱的乔凡尼甜心”许多情书。

米开朗琪罗对性的不安，有时与他自认具有的同性恋特质有关。但由于证据遗失或遭刻意湮灭，米开朗琪罗的性倾向究竟如何，无从研究。此外，同性恋大抵是近代的、后弗洛伊德的一种情欲经验，是中世纪和文艺复兴时期的人用以了解该经验的用语，显然和我们所用的含意并不相同。这些不同的文化实践和信念反映在新柏拉主义的爱情观，而米开朗琪罗通过圣马可学苑的教诲对此大概并不陌生。例如，费奇诺造了“柏拉图式爱情”这个新词，形容柏拉图《会饮篇》中所表述的男人与男孩之间心灵的相契。柏拉图在该著作中，颂扬这类结合是贞洁、知性之爱最极致的表现。如果说男女之爱纯粹基于肉欲，导致脑力和消化功能衰退，柏拉图式爱情，根据费奇诺的说法，则是“致力于让我们重返崇高的天顶”。