就在陈诚调整远征军部署、整肃军纪的时候，鄂西会战开始，陈诚奉命回到鄂西指挥作战，直到8月才回云南，继续整训部队。在恩施，他几次向蒋介石提出辞去远征军长官一职，均被蒋驳回。

陈诚为什么屡次提出辞呈？原因是多方面的。其中之一，可能与军政部部长何应钦以及个别部将的矛盾有关。

陈诚与关麟征的矛盾早在1930年就种下了，并由此“分道扬镳”。冤家路窄，在云南，陈、关又相遇了。其时，关麟征任第九集团军总司令，属陈诚直接管辖。关自恃受何、蒋器重，想为难一下陈诚，1943年4月，借故将第九集团军所辖的陈诚的旧部第五十四军军长黄维调职，派亲信张耀明接任，并对第五十四军进行内部改造。副军长傅正模没有当上军长，觉得不公，联名请愿，向军委会控告张耀明。

陈诚回到昆明，关当面向陈提出要惩办傅，陈不理不睬，关生气了，冷言以对：“辞公钧座是即将掌握全国军事的领袖人物，不应该再封闭在土木系小圈子里，一个军长的职务都不肯放手，这不是干大事业应有的心胸啊１陈诚气得当场吐血。同年8月，陈诚将张耀明调开，任命自己的亲信方天为五十四军军长。关与陈交锋，虽然败下阵来，但明里暗里仍然时不时与陈为难。陈诚也拿他没办法。

这次回云南，陈诚将长官部从昆明移到了楚雄。这里位置居中，可以兼顾滇西和滇南。他将长官部不设在昆明，一是因为昆明离前线太远；二是昆明是行营及省府所在地，长官部设此，可能引起不必要的猜疑与摩擦；三是担心部属长久地生活在大都会，容易腐化（后来当楚雄的居民称长官部为穷长官部时，陈诚竟然感到非常欣慰）。

8月30日，他召集长官部全体人员讲话：“如我们不穷，真不知要有多少老百姓为之倾家荡产。须知解决个人生活问题并不难，但必须国家先有前途，如国家不能存在，个人生活纵然优裕，也不过是一个有钱的亡国奴罢了。所以目前唯有求军事上的胜利，国家得救，大家才有真正的出路。”

远征军长官部的中心工作，还是整训。与以往战役不同，反攻缅甸，将是步炮、陆空协同作战。而且，远征军一色的美式装备，官兵们对重武器以及其他各种美式装备的使用技术，如通信、防毒、新式轻武器等，几乎是一无所知。此外，卫生知识的缺乏、政治认识的薄弱，以及风纪之重建等，都需要经过严格的训练。

装备技能训练，有美军担任，陈诚不用太多操心。但精神训练，只能由中方负责，陈诚投入了较多的精力和时间。好在他在这方面轻车熟路。针对当时的抗战形势和官兵思想上存在一些问题，他提出“以穷治军”的口号：一、革命成败的关键，在革命者个人的穷与富。革命的力量，在革命者的穷；革命的目的，在求民众大家的富；二、革命者的生活，要能吃在一身、穿在一身、用在一身……

9月29日，他指示编印了《远征须知》。除分别辑录“总理训词”、“委员长手颁阵中必读”、“阵中反省录”及远征口号、远征歌外，还分章编撰了“明了本身责任”、“熟习兵要地志”、“尊重各国国情”、“实践训练要旨”、“注重特殊情况”、“争取最后胜利”等。并附录了“革命军连坐法”、“中华民国战时军律”等。远征军干部，人手一编。

在云南，陈诚不是在总部开会，就是下部队到营地巡视、发表演说。他在日记中记载了病倒前后的主要行程：