战火停息了，陈诚才开始着手军政整顿。第一把火就是惩治贪污。辽宁省主席徐箴被撤职；五十二军军长梁恺、副军长兼十二师师长刘玉章被撤职；中将田湘藩暗中开设赌场，被逮捕；本溪区的一个保安司令李耀慈，弃职潜逃，被捉住枪毙了。就连因为保卫四平有功而获得青天白日勋章的七十一军军长陈明仁，也被陈诚以“盗卖军粮”的罪名撤职查办。这让蒋有点难堪，但蒋还是放手让陈诚烧了这把火。第二把火是整饬军纪。当时驻东北的许多军长、师长都在沈阳设了办事机构，闲散人员多达二万余人，陈诚一声令下，将这些机构全部清理，将闲散人员赶回部队。

经过秋季攻势，本来兵力就不够的东北蒋军又折兵损将。关内无兵可调，东北农村都被中共军队占领，也征不到兵，陈诚只能“就地取材”：将杜聿明收编的十多支保安队滥竽充数，改编成了暂编师，扩编为新编第三、第五、第七、第八4个军。于是，东北的蒋军就有了5个兵团，即郑洞国兵团、周福成兵团、卢浚泉兵团、刘安琪兵团、廖耀湘兵团，共14个军，凑合起来，兵力总计约50万人。

为了保障“辽西走廊”与沈阳的安全，陈诚在吉林、长春、四平，各配置3至5个师进行独立防御，在锦州至沈阳段铁路沿线及其两侧要点，各以1至2个师守备。他将廖兵团等主力在沈阳与铁岭集结，实施机动应援。

美国军事顾问魏德迈夸奖他说：“陈很好，无畏而正直……能干而廉洁的将军，可惜去晚了，一年前就该把他派去。”但明白人，恐怕包括陈诚本人都知道，这只是死马当成活马医，对大局无补于事。

陈诚的“土木系”十四师在廖兵团新六军，五十师在新三军，和廖兵团其他几个正规师一样，都是一色的美式装备，但由于美援时断时续，弹药供不应求。而林彪东北联军的弹药从北满的兵工厂和武器库源源不断地得到供应。时任东北行辕副主任、兵团司令的郑洞国说：“经过冬天整顿扩充，正规军队的人数和装备有了增加，但许多部队的能力却因原建制被打乱、兵力强弱搭配而未得到提高，有的甚至降低了战斗力。”

不过，客观地说，陈诚到东北也算尽了力，只是历史大势所趋，凭他一个人不可能挽狂澜于既倒。