回到南京后，陈诚在夫人谭祥陪同下到上海国防医学院住院治疗胃玻美国医生诊断后，认为保守治疗很难康复，必须手术治疗。

3月25日，东北解放军的冬季攻势结束。此役共歼灭国民党军五万八千余人，切断了北宁铁路，攻克了战略要地四平，以及辽阳、鞍山，迫使营口暂58师火线起义。国民党在东北的军队和政权岌岌可危。就在国民党政府四面楚歌的形势下，3月29日，“国民大会”在南京开幕。

身为国大代表的陈诚因为在上海治病，没有出席大会，但成了被攻击的靶子。代表们的责难声不绝于耳：“请政府杀陈诚以谢国人１“诸葛亮挥泪斩马谡，我们要求蒋主席演这出戏１“不让陈诚逃往美国１“到上海把陈诚扣留起来解京法办１……各大报也以“借人头，平民愤”为标题绘声绘色地作了报道。4月21日，“请政府严办参谋总长案”提交大会讨论，并获得一致通过。一些代表的指责，如不该过早裁军、不该拒绝收编伪军、东北用兵不当等等，颇有“专业性”。

蒋介石并没有因为代表的声讨而严办陈诚，而是“人性化”地面示陈诚以养病为由提出辞呈，然后予以批准。5月13日，陈诚辞去了参谋总长、东北行辕主任兼海军总司令等职务（分别由顾祝同、卫立煌和桂永清接任）。这样的处理方式给陈诚和蒋介石都留了面子。

听到与会代表的责怪，陈诚也有一肚子的委屈和牢骚。虽在大会期间未公开申辩，但在4月14日给林蔚的信中，他还是忍不住为自己作了申诉。

关于“整军”问题，他申诉道：“此问题之政策与原则，均在弟未到中央以前所决定。弟到中央仅负执行之责。而当时实际负责执行者，尚在陆军总部。此事就政策言，绝对正确。就执行言，亦并无多大错误。然今日反对整军者，亦即当日反对中央不整军之人。出尔反尔，所谓伪君子，最难处，其此辈之谓乎？弟尚记得，当大家均认为整军绝对需要，但绝对困难，而不整军，则绝对危险……再检讨整军，究竟裁了多少兵？实际上，只是裁并机关与空单位而已。换一句话讲，如不裁并机关与空单位，如何充实国军？同时国家财政如此困难，人民生活如此痛苦，能否负担720万人虚额的粮饷？”

关于“收编伪军”问题，他申诉道：“此问题当时确有人建议，但全部收编，事实上大有问题，以弟所能记忆者：何以对抗战之国军？何以对被压迫残杀之民众？何以维持国家民族之正气？以上三项，姑不计，再就军费一项言，自抗战结束后，决定国家总预算原则，所谓收支平衡，所谓军费不得超过总预算百分之五十，以连年军费言，非但不能收编伪军，而且仅有之国军，亦不能养活，其他可知矣。”

关于“国军之失利”问题，他在回复林蔚信中申诉道：“此中不能告人之事，实在太多。仅就山东与东北言，山东军事失败，莫过于新泰莱芜之役，此役之计划，究竟谁建议于主席，主席如何决定，弟在徐州，均无所闻。吾人绝不怨天尤人，应就事论事，吾人绝不愿与伪君子计较。再就东北问题言，如要算账，应由雅尔达三巨头会议与政协会议算起，而军事只能算末节……弟深知是火坑，最后只有跳下去。但当时经再三请示主席，非即增加两个军，不能使在东北之国军，能争取时间，稍加整顿。当时主席已应允，决抽调两个军，增援东北。结果被人阻挠，仅遣将而不派兵……”①

陈诚把怨气都撒在政敌身上。他对蒋介石并非没有一点怨气，而是敢怒不敢言。因为他知道他得罪的政要太多，在墙倒众人推的境遇下，只有蒋能够保他。事实上，蒋介石后来不仅保了陈诚，还继续重用了他。

客观地说，国民党在战场上的失败，陈诚作为蒋介石的高级幕僚、参谋总长，难辞其咎，尽管蒋介石常常直接指挥参战将领。不过，要求陈诚对一些重大决策全盘负责，也有失公允，因为这些决策大多是集体作出，并由蒋批准的。将战场失利归咎于裁军和拒收伪军等决策的执行，也不完全与事实相符。