孙中山登上泊靠于黄埔的海军炮艇永丰舰（事件之后改名中山舰。——译者注），蒋介石带着新婚妻子陈洁如上船陪侍，以表现出对孙中山的忠心，后来在两人关系上产生深刻的作用；三人在船上共住了五十六天。当消息传来，陈炯明部队已击败孙部，他们说服一艘英国军舰舰长护送他们到香港，与庆龄会合。一个多星期后，庆龄拍发电报给美龄，要她送五百元来以乘船回上海。美龄的一位朋友形容他在莫里埃路孙寓见到的庆龄“个儿瘦小，脸色苍白，极为孤单”。

陈炯明为了摆脱背叛原本领导人的罪名，向全国各报纸发表声明，宣称孙中山的政策“亲俄、亲布尔什维克”。他声称部下在“总统府的保险柜内找出重要文件”，掌握“文书证明，有一项要把中国共产化、以僭替北京合法政府的大计划”。孙中山再次退回上海，也发表声明指责陈炯明之叛变，比起他的“大敌”都还要可恶。蒋介石大受刺激，又到张静江的商行继续他自一九一七年以来即断断续续在炒的股票。起先赚钱，但是因为投机不知节制，以及市场的崩盘，他大赔出场，此后即回到军旅生涯。

幸运的是，不是人人都相信陈炯明的宣传，国内各地出现同情孙中山的声浪。一九二二年十月十三日，依然效忠孙中山的一支部队在许崇智率领下攻占福州。孙中山立刻委派许崇智为粤军司令，并任蒋介石为参谋长（但蒋介石并不看重这个职位）。孙部得到其他势力的支持，于十二月中旬攻抵广州，陈炯明弃城而逃。一九二三年二月，广州局势已告平静，孙中山凯旋归来。他拍电报给蒋介石，促他快快归队，但蒋介石依旧拖拖拉拉，以眼疾为借口，前往上海。

孙动怒，写信给蒋：“吁，是何言也。”“吾不能亲身来闽，而托兄以讨贼之任，兄何能遽萌退志如此？夫天下之事，其不尽如人意者固十常八九，总在能坚忍耐烦，劳怨不避，乃能期于有成。……兄忘却在白鹅潭舟中之时乎？日惟睡食与望消息而已。……故兄无论如何艰苦烦劳，必当留于军中，与我在外之奋斗相终始。”