《瑜伽师地论》翻译完成后，李世民看了大为兴奋。下令让人把此经抄写九份，分发到全国主要寺庙阅读保存。玄奘适时地请皇上撰写一篇文章，作为序言性质放在经的前面。李世民亲自撰写了《大唐三藏圣教序》，高度赞赏玄奘求经的艰辛和求来的真经的宝贵。

因李世民极其喜欢书圣王羲之的书法，一沙门叫怀仁的花了二十年时间，专门全部集了书圣的字，勒碑于石。一千多年来，此碑帖成为爱好书法者必临的范本。

贞观二十二年，唐高宗李治还是太子，为报慈母大恩，决定建立大慈恩寺。请五十位高僧大德入寺，玄奘为该寺住持。此外，玄奘没有担任过僧界任何的职务。

贞观二十三年对玄奘是个不利的年头。年初他的爱徒辩机东窗事发，被腰斩于市。辩机是玄奘的主要助手，《大唐西域记》是玄奘口述，辩机记录的。如果不出事，他会成为玄奘的继承人。辩机和高阳公主有情的事和玄奘无关，辩机和公主认识的时候，玄奘还在回国的途中。但玄奘的伤心是肯定的，而且也给玄奘带来不好的影响。

这件事对李世民的打击很可能是致命的。四月十五日，李世民在翠微宫，玄奘陪他谈话。李世民感叹和玄奘相识得晚了，没有机会参与更多的佛事。到五月上旬感到头疼，下旬，就崩于宫中。

唐高宗李治继位，按既定方针办，对玄奘也还不错。

玄奘以为自己的时间不多，就加紧译经。还要收徒，包括一些外国人：日本、朝鲜、印度等。还为一些大官授戒什么的。总之他很忙。显庆元年二月，玄奘为高宗的婕妤薛夫人落发授戒。薛夫人是隋文学家薛道衡之女，愿意出家。高宗很尊重薛夫人，就请玄奘为其削发为尼。

3月，唐高宗为慈恩寺撰写碑文，高宗有一手好书法。碑落成后，举行了盛大的仪式，“观者有百万余人”。