这是从至少1636年（当时四柱工程已经大部分完成）以来就一直缠住贝尼尼的一项严重指控，一直不依不饶地跟随他到人生的最后岁月，此时他终于被专门的教皇调查委员会完全免罪了。正式的免罪于1680年11月12日到来。贝尼尼没有在兴高采烈的气氛当中振作而起，而是在其后不久就崩溃了—仅在两三天之内—他患上了中风，这导致了他只在两周以后的11月28日就去世了。这个要对贝尼尼缩短其生命承担责任的指控究竟是什么呢？贝尼尼致命地暗中破坏了圣彼得大教堂圆屋顶的稳固性，因为他鲁莽地削弱了4根支撑屋顶的巨大支柱。据称，他为了在支柱里面新造楼梯井和廊道，而挖掘支柱里面的实心砌体，从而削弱了整个结构。人们进一步传扬，对庄严的大教堂这种逆袭更加变本加厉的是，贝尼尼还把原先外面的壁龛雕凿的更深了，又在上面开凿了全新的壁龛。实际上，所有这些都是不真实的。贝尼尼的处理完全是节制的，小心地处理了原先的建筑师留在柱子上的（包括上下两组壁龛）供以后进一步发展的空间（比如，楼梯井和内部通道的插入）。

但是，有一天，某些杞人忧天者还是注意到圆屋顶上的一道裂缝，然后就跑出大教堂喊道：“圆屋顶要坍塌了！圆屋顶要坍塌了！都怪贝尼尼！”（注意，这个事件跟我们将要讲到的后面的争论是分开的两件事，后面的争论涉及大教堂正面由贝尼尼新建的钟楼导致的裂隙，按照推测这也可能威胁到教堂结构从上面塌陷）。据悉这桩事件里那个大惊小怪的造谣者的身份为：弗兰特·卡利（Ferrante Carli）。卡利在今天已经差不多被遗忘了，甚至对于学者也是如此，但是这个博学的—即使因脾气暴躁、喜好纷争而不名誉的律师和作家曾任西皮奥内·鲍格才红衣主教的秘书，作为收藏家和交易者对罗马的艺术领域涉入很深。巴洛克时代罗马好管闲事的嚼舌者和阴险的麻烦制造者比比皆是，卡利很明显就是其中的一员。根据弗朗西斯科·曼托瓦尼（Francesco Mantovani）—摩德纳公爵在罗马的代理人—所说，卡利如此憎恨贝尼尼，以至于他要看到他被消灭。

贝尼尼究竟做了什么如此激起卡利这么大的憎恨，不得而知，但是对贝尼尼而言幸运的是，卡利死于1641年，并没实现他要根除或使这位艺术家遭受严重伤害的目标。同样是这个见闻广博的曼托尼瓦（Mantovani），在更早的给公爵的公文中也提到，在圣彼得大教堂屋顶上新出现这道裂隙成为公众讨论的一个问题“已经有相当一段时间了”，人们把谴责指向了贝尼尼。但是，他继续说道，“那些消息灵通的人”正把针对贝尼尼的指控简单地归因为嫉妒。屋顶上的裂缝实际上在贝尼尼着手他的四柱工程的工作之前就已经在那里了，是经历了岁月的屋顶自然安固在那里的几乎不可避免的良性现象（当然，罗马处于一个地震活跃的地带，地震导致的地面移位也可能使得大建筑物产生裂隙，无论建筑本身多么坚固）。

尽管如此，一份正式的警告备忘录（作者未知）在1626年被起草，分发给圣彼得大教堂工厂的成员们，为所有监管与大教堂有关的工程项目的红衣主教们联合颁布。备忘录声称危险如此之大，以至于必须把柱子里面的壁龛、楼梯井、廊道以及小教堂尽快填满。这样就等于要取消贝尼尼所做的一切修饰和装饰。而关于对这些命令的反应，我们在梵蒂冈档案的现存文件中，没有找到任何在那个时候提及官方调查、指控、免罪或修改支柱装饰计划之处。很明显，无论教皇还是工厂在当时都没把这件事看得太严重。